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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s86 | ||||||
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タイトル | human PLD3 homodimer structure | ||||||
要素 | 5'-3' exonuclease PLD3 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Exonuclease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / phospholipase D activity / immune system process / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen / early endosome membrane ...spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / phospholipase D activity / immune system process / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen / early endosome membrane / late endosome membrane / inflammatory response / Golgi membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lammens, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2024 タイトル: Lysosomal endonuclease RNase T2 and PLD exonucleases cooperatively generate RNA ligands for TLR7 activation. 著者: Marleen Bérouti / Katja Lammens / Matthias Heiss / Larissa Hansbauer / Stefan Bauernfried / Jan Stöckl / Francesca Pinci / Ignazio Piseddu / Wilhelm Greulich / Meiyue Wang / Christophe Jung ...著者: Marleen Bérouti / Katja Lammens / Matthias Heiss / Larissa Hansbauer / Stefan Bauernfried / Jan Stöckl / Francesca Pinci / Ignazio Piseddu / Wilhelm Greulich / Meiyue Wang / Christophe Jung / Thomas Fröhlich / Thomas Carell / Karl-Peter Hopfner / Veit Hornung / 要旨: Toll-like receptor 7 (TLR7) is essential for recognition of RNA viruses and initiation of antiviral immunity. TLR7 contains two ligand-binding pockets that recognize different RNA degradation ...Toll-like receptor 7 (TLR7) is essential for recognition of RNA viruses and initiation of antiviral immunity. TLR7 contains two ligand-binding pockets that recognize different RNA degradation products: pocket 1 recognizes guanosine, while pocket 2 coordinates pyrimidine-rich RNA fragments. We found that the endonuclease RNase T2, along with 5' exonucleases PLD3 and PLD4, collaboratively generate the ligands for TLR7. Specifically, RNase T2 generated guanosine 2',3'-cyclic monophosphate-terminated RNA fragments. PLD exonuclease activity further released the terminal 2',3'-cyclic guanosine monophosphate (2',3'-cGMP) to engage pocket 1 and was also needed to generate RNA fragments for pocket 2. Loss-of-function studies in cell lines and primary cells confirmed the critical requirement for PLD activity. Biochemical and structural studies showed that PLD enzymes form homodimers with two ligand-binding sites important for activity. Previously identified disease-associated PLD mutants failed to form stable dimers. Together, our data provide a mechanistic basis for the detection of RNA fragments by TLR7. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8s86.cif.gz | 160.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8s86.ent.gz | 126 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8s86.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8s86_validation.pdf.gz | 1010.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8s86_full_validation.pdf.gz | 1019.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8s86_validation.xml.gz | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8s86_validation.cif.gz | 56.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/8s86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/8s86 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19798MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48058.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IV08, spleen exonuclease |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PLD3 dimer / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 5.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2823826 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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