PDB-8s5e: Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5e

タイトル

Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules

要素

ADP-ribosylation factor 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane tubules / Arf1 / COPI / PROTEIN TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization / organelle membrane contact site / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Haupt, C. / Semchonok, D.A. / Stubbs, M.T. / Bacia, K. / Desfosses, A. / Kastritis, P.L. / Hamdi, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Cell Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules
著者: Haupt, C. / Semchonok, D.A. / Stubbs, M.T. / Bacia, K. / Desfosses, A.

履歴

登録	2024年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5e.cif.gz	439.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5e.ent.gz	365.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19733MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosylation factor 1

B: ADP-ribosylation factor 1

C: ADP-ribosylation factor 1

D: ADP-ribosylation factor 1

E: ADP-ribosylation factor 1

F: ADP-ribosylation factor 1

G: ADP-ribosylation factor 1

ヘテロ分子

148 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	ADP-ribosylation factor 1 分子量: 20552.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A myristoyl group (derived from myristic acid) is covalently attached to the N-terminus via an amide bond. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ARF1, YDL192W, D1244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11076, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S 分子量: 539.246 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Heptameric complex of Arf1 with GSP and Mg / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 6.8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES	1
2	50 mM	KOAc	1
3	1.2 mM	MgCl2	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1

急速凍結

装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最低温度: 77 K
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12483
画像スキャン	横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	v4.3.1	粒子像選択
2	EPU	2.2.0.65REL	画像取得
4	cryoSPARC	v4.3.1	CTF補正
7	PHENIX	1.21_5187	モデルフィッティング
8	Coot	0.9	モデルフィッティング
9	ISOLDE	1.6	モデルフィッティング
11	cryoSPARC	v4.3.1	初期オイラー角割当
12	cryoSPARC	v4.3.1	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	v4.3.1	分類
14	cryoSPARC	v4.3.1	３次元再構成
15	PHENIX	1.21_5187	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1489051

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 485140 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 94.1 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 2ksq

2ksq

PDB chain-ID: A / Accession code: 2ksq / Chain residue range: 16-178 / Pdb chain residue range: 16-178 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.01	9541
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.671	12957
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	20.603	3087
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.051	1428
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1610

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)