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- PDB-8s1u: YlmH bound to stalled 50S subunits with RqcH and PtRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s1u
タイトルYlmH bound to stalled 50S subunits with RqcH and PtRNA
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 22
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 5
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • P-tRNA
  • Putative RNA-binding protein YlmH
  • Rqc2 homolog RqcH
キーワードRIBOSOME / LSU / 50S / RQC / YlmH / RqcH
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial transcription / RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis ...regulation of mitochondrial transcription / RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / YlmH, N-terminal / YlmH, putative RNA-binding domain / Putative RNA-binding domain in YlmH / NFACT protein RNA binding domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Ribosomal protein L31 type A ...: / YlmH, N-terminal / YlmH, putative RNA-binding domain / Putative RNA-binding domain in YlmH / NFACT protein RNA binding domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / : / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Putative RNA-binding protein YlmH / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Paternoga, H. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI3285/11-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: A role for the S4-domain containing protein YlmH in ribosome-associated quality control in Bacillus subtilis.
著者: Hiraku Takada / Helge Paternoga / Keigo Fujiwara / Jose A Nakamoto / Esther N Park / Lyudmila Dimitrova-Paternoga / Bertrand Beckert / Merilin Saarma / Tanel Tenson / Allen R Buskirk / Gemma ...著者: Hiraku Takada / Helge Paternoga / Keigo Fujiwara / Jose A Nakamoto / Esther N Park / Lyudmila Dimitrova-Paternoga / Bertrand Beckert / Merilin Saarma / Tanel Tenson / Allen R Buskirk / Gemma C Atkinson / Shinobu Chiba / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk /
要旨: Ribosomes trapped on mRNAs during protein synthesis need to be rescued for the cell to survive. The most ubiquitous bacterial ribosome rescue pathway is trans-translation mediated by tmRNA and SmpB. ...Ribosomes trapped on mRNAs during protein synthesis need to be rescued for the cell to survive. The most ubiquitous bacterial ribosome rescue pathway is trans-translation mediated by tmRNA and SmpB. Genetic inactivation of trans-translation can be lethal, unless ribosomes are rescued by ArfA or ArfB alternative rescue factors or the ribosome-associated quality control (RQC) system, which in Bacillus subtilis involves MutS2, RqcH, RqcP and Pth. Using transposon sequencing in a trans-translation-incompetent B. subtilis strain we identify a poorly characterized S4-domain-containing protein YlmH as a novel potential RQC factor. Cryo-EM structures reveal that YlmH binds peptidyl-tRNA-50S complexes in a position analogous to that of S4-domain-containing protein RqcP, and that, similarly to RqcP, YlmH can co-habit with RqcH. Consistently, we show that YlmH can assume the role of RqcP in RQC by facilitating the addition of poly-alanine tails to truncated nascent polypeptides. While in B. subtilis the function of YlmH is redundant with RqcP, our taxonomic analysis reveals that in multiple bacterial phyla RqcP is absent, while YlmH and RqcH are present, suggesting that in these species YlmH plays a central role in the RQC.
履歴
登録2024年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
c: P-tRNA
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33 1
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
6: 50S ribosomal protein L31
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: Large ribosomal subunit protein bL20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: Large ribosomal subunit protein uL23
U: 50S ribosomal protein L24
V: Putative RNA-binding protein YlmH
W: Large ribosomal subunit protein bL27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: Large ribosomal subunit protein uL30
a: P-tRNA
H: Rqc2 homolog RqcH
A: 23S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,476,70548
ポリマ－1,476,11833
非ポリマー58615
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11c
21c

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Auth asym-ID: c / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 71 / Label seq-ID: 1 - 71

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 4分子 caBA

#1: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24491.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1837880844
#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 36157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1150402534
#32: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 949761.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
50S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 012346CDEFJKLMNOPRSUXY

#2: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6745.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34687
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5915.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P56849
#4: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05647
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7581.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55874
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / BL38 / Ribosomal protein B / Ribosomal protein II


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20278
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7458.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: Q03223
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / BL2


分子量: 30335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42919
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / BL3


分子量: 22723.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42920
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22424.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42921
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / BL6


分子量: 20177.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12877
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16407.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P70974
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12875
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19946
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16223.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P14577
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / BL15 / BL21


分子量: 13774.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20277
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / BL16


分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46899
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O31742
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / BL20


分子量: 11296.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P26908
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12481.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42060
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 12 kDa DNA-binding protein / BL23 / HPB12


分子量: 11166.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P0CI78
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6826.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P37807
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7728.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12873

-
Large ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 GQTWZ

#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46898
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13669.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55873
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42924
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 10391.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05657
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19947

-
タンパク質 , 2種, 2分子 VH

#26: タンパク質 Putative RNA-binding protein YlmH


分子量: 30823.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: ylmH, BSU15410 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P71020
#31: タンパク質 Rqc2 homolog RqcH / RqcH


分子量: 65307.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34693

-
非ポリマー , 1種, 15分子

#33: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 50S ribosomal subunit with stalled P-tRNA-nascent chain, bound by YlmH
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#32 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.8.3粒子像選択general model used: gmodel_phosnet_202005_N63_c17.h5
4RELION4.0.1CTF補正
10RELION4.0.1初期オイラー角割当
11RELION4.0.1最終オイラー角割当
13RELION4.0.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2550984
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3770 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.4→3.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.827 / WRfactor Rwork: 0.339 / SU B: 31.516 / SU ML: 0.475 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8044 / Average fsc work: 0.8044 / ESU R: 0.583 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3394 717030 -
all0.339 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso mean: 93.78 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.011101392
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01757253
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_b00.1158377
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.0891.844152002
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.4221.726135620
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.35153751
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg2.9752.093289
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_other_2_deg1.37552451
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.125105116
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_6_deg13.23101087
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0440.219524
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr_other0.0850.23
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0270695
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.0217959
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1470.217720
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1660.259850
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2170.239231
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0760.236024
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1220.22985
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0740.210
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.1980.216
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it9.99713.75115103
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other9.99613.75115103
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it17.94824.76518821
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other17.94824.76918822
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it7.8788.69986289
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other7.8788.69986290
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it13.61515.869133181
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other13.61515.869133182
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it42.999291.118278264
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other42.999291.118278265
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_10.1950.056403
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11cELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.195060.05007
12cELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.195060.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3.3-3.3860.595532260.595532260.5850.595
3.386-3.4780.461515940.461515940.6580.461
3.478-3.5790.429504030.429504030.6950.429
3.579-3.6890.396487620.396487620.7360.396
3.689-3.810.374472360.374472360.770.374
3.81-3.9440.358457840.358457840.7960.358
3.944-4.0930.347442590.347442590.8130.347
4.093-4.260.332425010.332425010.8370.332
4.26-4.4490.321407570.321407570.8540.321
4.449-4.6660.31389670.31389670.8740.31
4.666-4.9190.3369670.3369670.8850.3
4.919-5.2170.293350990.293350990.8930.293
5.217-5.5770.285329310.285329310.8980.285
5.577-6.0240.282306350.282306350.8990.282
6.024-6.5980.286281960.286281960.8890.286
6.598-7.3760.274255340.274255340.8970.274
7.376-8.5160.27224730.27224730.8960.27
8.516-10.4260.258189770.258189770.9090.258
10.426-14.7310.267146690.267146690.9250.267
14.731-236.80.34780600.34780600.9110.347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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