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- PDB-8rwg: PAO1 wild-type ribosome, R, reference map -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rwg
タイトルPAO1 wild-type ribosome, R, reference map
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / PAO1 / wild type / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Mesa, P. / Montoya, G.
資金援助 デンマーク, European Union, 6件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF10CC1016517 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0055061 デンマーク
European Research Council (ERC)ERC_AdG_101096548European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Detuning of the Ribosome Conformational Landscape Promotes Antibiotic Resistance and Collateral Sensitivity.
著者: Mesa, P. / Jimenez-Fernandez, A. / La Rosa, R. / Espinosa-Portero, R. / Johansen, H.K. / Molin, S. / Montoya, G.
履歴
登録2024年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 50S ribosomal protein L27
2: 50S ribosomal protein L28
3: 50S ribosomal protein L29
4: 50S ribosomal protein L30
5: 50S ribosomal protein L32
6: Large ribosomal subunit protein bL33
7: 50S ribosomal protein L34
8: 50S ribosomal protein L35
9: 50S ribosomal protein L36
A: 23S ribosomal RNA
B: 16S ribosomal RNA
C: 5S ribosomal RNA
D: 50S ribosomal protein L2
E: 50S ribosomal protein L3
F: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L5
H: 50S ribosomal protein L6
I: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: Large ribosomal subunit protein uL22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
a: 30S ribosomal protein S2
b: 30S ribosomal protein S3
c: 30S ribosomal protein S4
d: 30S ribosomal protein S5
e: 30S ribosomal protein S6
f: 30S ribosomal protein S7
g: 30S ribosomal protein S8
h: 30S ribosomal protein S9
i: 30S ribosomal protein S10
j: 30S ribosomal protein S11
k: 30S ribosomal protein S12
l: 30S ribosomal protein S13
m: 30S ribosomal protein S14
n: 30S ribosomal protein S15
o: 30S ribosomal protein S16
p: 30S ribosomal protein S17
q: 30S ribosomal protein S18
r: 30S ribosomal protein S19
s: 30S ribosomal protein S20
t: 30S ribosomal protein S21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,138,975236
ポリマ－2,134,43751
非ポリマー4,538185
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 12345789DEFGHIJKLMNOPQRTUV

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9010.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HVL7
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9087.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HTN8
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7213.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE3
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6489.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF3
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6807.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HZN4
#7: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5226.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: P29436
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7387.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9I0A1
#9: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4447.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF6
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29641.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD8
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22625.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD5
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21673.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD6
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20424.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE7
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19129.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF0
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15551.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HUN2
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16058.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HVY2
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13435.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE5
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15204.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF4
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15434.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE2
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14533.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: O52761
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12687.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF1
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13055.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HXQ2
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13397.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9I0A2
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11678.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HVL6
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10969.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD7
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11494.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE6
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 21994.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HVC4

-
Large ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 6S

#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 6060.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HTN9
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 11935.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE0

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#10: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 936932.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: GenBank: 110227054
#11: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 497802.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: GenBank: 1839535652
#12: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38902.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: GenBank: 1839535652

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 abcdefghijklmnopqrst

#32: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 27376.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: O82850
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 25887.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE1
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23318.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: O52759
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17650.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF2
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 16189.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HUM9
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17541.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD1
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14190.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE9
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14643.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HVY3
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11786.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD4
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13654.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF8
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13830.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD0
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13292.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWF7
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11591.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE8
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10135.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HV58
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9219.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HXP9
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10106.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWE4
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8892.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HUN0
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10382.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HWD9
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9942.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HVM1
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8508.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9I5V8

-
非ポリマー , 3種, 580分子

#52: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#53: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#54: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: PAO1 wild-type ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris bufferTrisHCl1
210 mMmagnesium chlorideMgCl21
3100 mMammonium chlorideNH4Cl1
46 mMbeta-mercaptoethanolBME1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 50 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3773

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1.0-3.0粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION2.1.0-3.0CTF補正
5CTFFIND4.1CTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10PHENIX1.20.1モデル精密化
11RELION2.1.0-3.0初期オイラー角割当
12RELION2.1.0-3.0最終オイラー角割当
13RELION2.1.0-3.0分類
14RELION2.1.0-3.0３次元再構成
15PHENIX1.20.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 166770 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4YBB

4ybb


Accession code: 4YBB / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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