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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rsb | ||||||
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タイトル | p97 (VCP) mutant - F539A ADP state | ||||||
要素 | Transitional endoplasmic reticulum ATPase | ||||||
キーワード | CHAPERONE / Hexameric complex / ATPase / Unfoldase / Protein Quality Control / Segregase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein-DNA covalent cross-linking repair / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding ...positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein-DNA covalent cross-linking repair / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / deubiquitinase activator activity / aggresome assembly / regulation of protein localization to chromatin / vesicle-fusing ATPase / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / NADH metabolic process / cellular response to misfolded protein / stress granule disassembly / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein localization to chromatin / ubiquitin-modified protein reader activity / retrograde protein transport, ER to cytosol / regulation of aerobic respiration / positive regulation of ATP biosynthetic process / regulation of synapse organization / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / ubiquitin-like protein ligase binding / MHC class I protein binding / RHOH GTPase cycle / autophagosome maturation / HSF1 activation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasomal protein catabolic process / Protein methylation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / negative regulation of smoothened signaling pathway / ERAD pathway / ATP metabolic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / Attachment and Entry / lipid droplet / viral genome replication / proteasome complex / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Hh mutants are degraded by ERAD / macroautophagy / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Hedgehog ligand biogenesis / Translesion Synthesis by POLH / positive regulation of protein-containing complex assembly / establishment of protein localization / ABC-family proteins mediated transport / ADP binding / autophagy / cytoplasmic stress granule / Aggrephagy / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein catabolic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / azurophil granule lumen / double-strand break repair / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / site of double-strand break / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / protein phosphatase binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Attachment and Entry / protein ubiquitination / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / glutamatergic synapse / lipid binding / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Arie, M. / Matzov, D. / Karmona, R. / Szenkier, N. / Stanhill, A. / Navon, A. | ||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: p97 (VCP) mutant - F539A ADP state 著者: Arie, M. / Matzov, D. / Karmona, R. / Szenkier, N. / Stanhill, A. / Navon, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rsb.cif.gz | 717.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rsb.ent.gz | 578.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rsb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rsb_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rsb_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rsb_validation.xml.gz | 117.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rsb_validation.cif.gz | 177.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19475MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89360.727 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55072, vesicle-fusing ATPase #2: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tertiary complex of the hexameric p97 F539A mutant ADP state タイプ: COMPLEX 詳細: The mutant generated by the replacement of phenylalanine to alanine at position 539. The structure determined after incubation with it's co-factor Ufd1/Npl4 (UN) Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.53 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pQE9 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: pre-blotting incubation time of 20 secounds and blot for 3.5 seconds with -1 blot force |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 38 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 10368 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4320975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 186932 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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