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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rmn | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a dimer of decameric human CALHM4 in complex with synthetic nanobody SbC4 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / large pore channels / sybody / CALHM | ||||||
機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / membrane / Calcium homeostasis modulator protein 4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Peter, M. / Drozdzyk, K. / Dutzler, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural features of heteromeric channels composed of CALHM2 and CALHM4 paralogs 著者: Drozdzyk, K. / Peter, M. / Dutzler, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rmn.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rmn.ent.gz | 999.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rmn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rmn_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rmn_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rmn_validation.xml.gz | 181.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rmn_validation.cif.gz | 256 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35981.656 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALHM4, C6orf78, FAM26D, UNQ6481/PRO21277 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5JW98 #2: 抗体 | 分子量: 15613.268 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of CALHM4 channel with synthetic nanobody SbC4 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.03 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: D10 (2回x10回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52248 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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