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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rk4 | |||||||||
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タイトル | Receptor binding protein of bacteriophage JBD30 computed with C3 symmetry | |||||||||
![]() | DUF2793 domain-containing protein | |||||||||
![]() | VIRUS / bacteriophage / virion / receptor binding protein | |||||||||
機能・相同性 | DUF2793 domain-containing protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.74 Å | |||||||||
![]() | Valentova, L. / Fuzik, T. / Plevka, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30 著者: Valentova, L. / Plevka, P. / Fuzik, T. / Novacek, J. / Pospisil, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 19259 ![]() 19256 ![]() 19257 ![]() 19258 ![]() 19260 ![]() 19261 ![]() 19262 ![]() 19263 ![]() 19264 ![]() 19265 ![]() 19266 ![]() 19267 ![]() 19268 ![]() 19269 ![]() 19270 ![]() 19271 ![]() 19272 ![]() 19273 ![]() 19274 ![]() 19280 ![]() 19281 ![]() 19285 ![]() 19439 ![]() 19561 ![]() 8rk3C ![]() 8rk5C ![]() 8rk6C ![]() 8rk7C ![]() 8rk8C ![]() 8rk9C ![]() 8rkaC ![]() 8rkbC ![]() 8rkcC ![]() 8rknC ![]() 8rkoC ![]() 8rkxC ![]() 8rqeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40578.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Receptor binding protein / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: VIRUS 詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient. Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.137 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: BAA-28 | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: JBD30 capsid / 直径: 640 nm / 三角数 (T数): 7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: phage titer 10^11 PFU | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Gatan Solarus II / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: blotting force 0, blotting time 2 s, waiting time 15 s |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 34 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12356 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4088 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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