[日本語] English
万見
- PDB-8rgz: Trimeric HSV-1F gB ectodomain in postfusion conformation with thr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rgz
タイトルTrimeric HSV-1F gB ectodomain in postfusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules.
要素
  • Envelope glycoprotein B
  • HDIT101 Fab heavy chain
  • HDIT101 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / ectodomain / post-fusion / fab molecule / trimeric
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain F (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Kalbermatter, D. / Seyfizadeh, N. / Imhof, T. / Ries, M. / Mueller, C. / Jenner, L. / Blumenschein, E. / Yendrzheyevskiy, A. / Moog, K. / Eckert, D. ...Kalbermatter, D. / Seyfizadeh, N. / Imhof, T. / Ries, M. / Mueller, C. / Jenner, L. / Blumenschein, E. / Yendrzheyevskiy, A. / Moog, K. / Eckert, D. / Engel, R. / Diebolder, P. / Chami, M. / Krauss, J. / Schaller, T. / Arndt, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J Biomed Sci / 年: 2024
タイトル: Development of a highly effective combination monoclonal antibody therapy against Herpes simplex virus.
著者: Narges Seyfizadeh / David Kalbermatter / Thomas Imhof / Moritz Ries / Christian Müller / Leonie Jenner / Elisabeth Blumenschein / Alexandra Yendrzheyevskiy / Frank Grün / Kevin Moog / ...著者: Narges Seyfizadeh / David Kalbermatter / Thomas Imhof / Moritz Ries / Christian Müller / Leonie Jenner / Elisabeth Blumenschein / Alexandra Yendrzheyevskiy / Frank Grün / Kevin Moog / Daniel Eckert / Ronja Engel / Philipp Diebolder / Mohamed Chami / Jürgen Krauss / Torsten Schaller / Michaela Arndt /
要旨: BACKGROUND: Infections with Herpes simplex virus (HSV)-1 or -2 usually present as mild chronic recurrent disease, however in rare cases can result in life-threatening conditions with a large spectrum ...BACKGROUND: Infections with Herpes simplex virus (HSV)-1 or -2 usually present as mild chronic recurrent disease, however in rare cases can result in life-threatening conditions with a large spectrum of pathology. Monoclonal antibody therapy has great potential especially to treat infections with virus resistant to standard therapies. HDIT101, a humanized IgG targeting HSV-1/2 gB was previously investigated in phase 2 clinical trials. The aim of this study was to develop a next-generation therapy by combining different antiviral monoclonal antibodies.
手法: A lymph-node derived phage display library (LYNDAL) was screened against recombinant gB from Herpes simplex virus (HSV) -1 and HDIT102 scFv was selected for its binding characteristics using ...手法: A lymph-node derived phage display library (LYNDAL) was screened against recombinant gB from Herpes simplex virus (HSV) -1 and HDIT102 scFv was selected for its binding characteristics using bio-layer interferometry. HDIT102 was further developed as fully human IgG and tested alone or in combination with HDIT101, a clinically tested humanized anti-HSV IgG, in vitro and in vivo. T-cell stimulating activities by antigen-presenting cells treated with IgG-HSV immune complexes were analyzed using primary human cells. To determine the epitopes, the cryo-EM structures of HDIT101 or HDIT102 Fab bound to HSV-1F as well as HSV-2G gB protein were solved at resolutions < 3.5 Å.
RESULTS: HDIT102 Fab showed strong binding to HSV-1F gB with Kd of 8.95 × 10 M and to HSV-2G gB with Kd of 3.29 × 10 M. Neutralization of cell-free virus and inhibition of cell-to-cell ...RESULTS: HDIT102 Fab showed strong binding to HSV-1F gB with Kd of 8.95 × 10 M and to HSV-2G gB with Kd of 3.29 × 10 M. Neutralization of cell-free virus and inhibition of cell-to-cell spread were comparable between HDIT101 and HDIT102. Both antibodies induced internalization of gB from the cell surface into acidic endosomes by binding distinct epitopes in domain I of gB and compete for binding. CryoEM analyses revealed the ability to form heterogenic immune complexes consisting of two HDIT102 and one HDIT101 Fab bound to one gB trimeric molecule. Both antibodies mediated antibody-dependent phagocytosis by antigen presenting cells which stimulated autologous T-cell activation. In vivo, the combination of HDIT101 and HDIT102 demonstrated synergistic effects on survival and clinical outcome in immunocompetent BALB/cOlaHsd mice.
CONCLUSION: This biochemical and immunological study showcases the potential of an effective combination therapy with two monoclonal anti-gB IgGs for the treatment of HSV-1/2 induced disease conditions.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B
D: HDIT101 Fab heavy chain
E: HDIT101 Fab light chain
B: Envelope glycoprotein B
C: Envelope glycoprotein B
H: HDIT101 Fab heavy chain
F: HDIT101 Fab heavy chain
L: HDIT101 Fab light chain
G: HDIT101 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)522,2119
ポリマ－522,2119
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein B / gB


分子量: 100449.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain F (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gB, UL27 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-E6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06436
#2: 抗体 HDIT101 Fab heavy chain


分子量: 49676.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-E6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 HDIT101 Fab light chain


分子量: 23944.691 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-E6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Trimeric HSV-1F gB ectodomain in post-fusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.523 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293-E6
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
250 mMTrisC4H11NO31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5815

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7CCP4 package1.6モデルフィッティング
9RELION4初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION4３次元再構成
19CCP4 package1.6モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2993934
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23330 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 2gum

2gum


Accession code: 2gum / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.27→3.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / SU B: 12.176 / SU ML: 0.216 / ESU R: 0.248
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.32437 --
obs0.32437 395687 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 47.425 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 19158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.01119641
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0150.01617178
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.0721.65326694
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.561.5539978
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.41352409
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg2.16410183
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.221103105
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0480.22892
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.0222875
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.024221
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.0044.8119672
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.0044.8119672
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.2717.22612069
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other3.2717.22612070
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.0984.9469969
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other2.0984.9479970
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other3.6027.32914626
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined7.01689.25274587
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other7.01689.25274588
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.12→3.201 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.061 29392 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る