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- PDB-8rcl: Escherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rcl
タイトルEscherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interface class 1)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 7
  • (50S ribosomal protein ...) x 11
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 3
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 14
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Nascent chain
  • messenger RNA
  • tRNA-Ala (A-site)
  • tRNA-Arg (E-site)
  • tRNA-Phe (P-site)
  • tRNA-Trp (P-site)
  • tRNA-Val (A-site)
キーワードRIBOSOME / polysome / translation / pausing / disome
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA secondary structure unwinding / positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis ...RNA secondary structure unwinding / positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / DNA endonuclease activity / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / molecular adaptor activity / single-stranded RNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / Ribosomal protein L1, bacterial-type / S1 domain profile. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. ...Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / Ribosomal protein L1, bacterial-type / S1 domain profile. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / S1 domain / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 ...ALANINE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS1 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Fluegel, T. / Schacherl, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Transient disome complex formation in native polysomes during ongoing protein synthesis captured by cryo-EM.
著者: Timo Flügel / Magdalena Schacherl / Anett Unbehaun / Birgit Schroeer / Marylena Dabrowski / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Thiemo Sprink / Christoph A Diebolder / Yollete V Guillén ...著者: Timo Flügel / Magdalena Schacherl / Anett Unbehaun / Birgit Schroeer / Marylena Dabrowski / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Thiemo Sprink / Christoph A Diebolder / Yollete V Guillén Schlippe / Christian M T Spahn /
要旨: Structural studies of translating ribosomes traditionally rely on in vitro assembly and stalling of ribosomes in defined states. To comprehensively visualize bacterial translation, we reactivated ex ...Structural studies of translating ribosomes traditionally rely on in vitro assembly and stalling of ribosomes in defined states. To comprehensively visualize bacterial translation, we reactivated ex vivo-derived E. coli polysomes in the PURE in vitro translation system and analyzed the actively elongating polysomes by cryo-EM. We find that 31% of 70S ribosomes assemble into disome complexes that represent eight distinct functional states including decoding and termination intermediates, and a pre-nucleophilic attack state. The functional diversity of disome complexes together with RNase digest experiments suggests that paused disome complexes transiently form during ongoing elongation. Structural analysis revealed five disome interfaces between leading and queueing ribosomes that undergo rearrangements as the leading ribosome traverses through the elongation cycle. Our findings reveal at the molecular level how bL9's CTD obstructs the factor binding site of queueing ribosomes to thwart harmful collisions and illustrate how translation dynamics reshape inter-ribosomal contacts.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
12: 50S ribosomal protein L28
32: 50S ribosomal protein L30
4: Large ribosomal subunit protein bL31
62: 50S ribosomal protein L35
71: 23S ribosomal RNA
72: 23S ribosomal RNA
82: 5S ribosomal RNA
A1: 16S ribosomal RNA
A2: 16S ribosomal RNA
B: Small ribosomal subunit protein uS2
B2: Small ribosomal subunit protein uS2
C1: Small ribosomal subunit protein uS3
C2: Small ribosomal subunit protein uS3
D1: Small ribosomal subunit protein uS4
D2: Small ribosomal subunit protein uS4
E1: Small ribosomal subunit protein uS5
E2: Small ribosomal subunit protein uS5
F1: 30S ribosomal protein S6
F2: 30S ribosomal protein S6
G1: 30S ribosomal protein S7
G2: 30S ribosomal protein S7
H1: Small ribosomal subunit protein uS8
H2: Small ribosomal subunit protein uS8
I1: Small ribosomal subunit protein uS9
I2: Small ribosomal subunit protein uS9
J1: 30S ribosomal protein S10
J2: 30S ribosomal protein S10
K1: Small ribosomal subunit protein uS11
K2: Small ribosomal subunit protein uS11
L1: Small ribosomal subunit protein uS12
L2: Small ribosomal subunit protein uS12
M1: Small ribosomal subunit protein uS13
M2: Small ribosomal subunit protein uS13
N1: Small ribosomal subunit protein uS14
N2: Small ribosomal subunit protein uS14
O1: 30S ribosomal protein S15
O2: 30S ribosomal protein S15
P1: 30S ribosomal protein S16
Q1: Small ribosomal subunit protein uS17
Q2: Small ribosomal subunit protein uS17
R1: Small ribosomal subunit protein bS18
R2: Small ribosomal subunit protein bS18
S1: Small ribosomal subunit protein uS19
S2: Small ribosomal subunit protein uS19
T1: Small ribosomal subunit protein bS20
U1: 30S ribosomal protein S21
U2: 30S ribosomal protein S21
V2: messenger RNA
W: tRNA-Trp (P-site)
W1: tRNA-Phe (P-site)
X2: tRNA-Arg (E-site)
Y1: tRNA-Val (A-site)
Y2: tRNA-Ala (A-site)
Z1: 30S ribosomal protein S1
a2: Large ribosomal subunit protein uL1
b2: 50S ribosomal protein L2
e2: 50S ribosomal protein L5
g2: Large ribosomal subunit protein bL33
h2: 50S ribosomal protein L16
i2: 50S ribosomal protein L9
l2: 50S ribosomal protein L34
o2: 50S ribosomal protein L15
p: Nascent chain
r2: 50S ribosomal protein L18
z2: 50S ribosomal protein L27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,882,805367
ポリマ－3,875,07065
非ポリマー7,736302
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
50S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 123262b2e2h2i2l2o2r2z2

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / ribosomal protein bL28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / ribosomal protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A / ribosomal protein bL35


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / ribosomal protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / ribosomal protein uL5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / ribosomal protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / ribosomal protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#41: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / ribosomal protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / ribosomal protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / ribosomal protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8

-
Large ribosomal subunit protein ... , 3種, 3分子 4a2g2

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31 / 50S ribosomal protein L31


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M9
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL1 / 50S ribosomal protein L1


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9

-
RNA鎖 , 9種, 11分子 717282A1A2V2WW1X2Y1Y2

#5: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941812.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#6: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: CP035706.1
#7: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 499873.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1388194076
#28: RNA鎖 messenger RNA


分子量: 20786.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#29: RNA鎖 tRNA-Trp (P-site)


分子量: 24628.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#30: RNA鎖 tRNA-Phe (P-site)


分子量: 24651.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#31: RNA鎖 tRNA-Arg (E-site)


分子量: 24978.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#32: RNA鎖 tRNA-Val (A-site)


分子量: 24617.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#33: RNA鎖 tRNA-Ala (A-site)


分子量: 24555.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
Small ribosomal subunit protein ... , 14種, 27分子 BB2C1C2D1D2E1E2H1H2I1I2K1K2L1L2M1M2N1N2Q1Q2R1R2S1S2T1

#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7

-
30S ribosomal protein ... , 7種, 12分子 F1F2G1G2J1J2O1O2P1U1U2Z1

#12: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription termination/antitermination protein NusE


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S1 / Bacteriophage Q beta RNA-directed RNA polymerase subunit I / Small ribosomal subunit protein bS1


分子量: 61238.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG67

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 p

#43: タンパク質・ペプチド Nascent chain


分子量: 1087.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 302分子

#46: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#47: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#48: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#49: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#50: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia coli pause disome complex / タイプ: RIBOSOME
詳細: Structure of the non-rotated disome interface class 1
Entity ID: #1-#32, #34-#45 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.270379 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: In vitro translation reactions were performed in the PURE translation system using the PURExpress delta ribosome kit (NEB, #E3313S). Translation reactions were supplemented with 0.8 U/uL ...詳細: In vitro translation reactions were performed in the PURE translation system using the PURExpress delta ribosome kit (NEB, #E3313S). Translation reactions were supplemented with 0.8 U/uL RNAsin Plus RNase Inhibitor (Promega, N261B). SolA, factor mix, and RNAsin Plus were combined on ice, followed by a preincubation at 37 degrees Celcius for 2 min, and added directly to polysomes (700 nM final concentration) that had been preincubated at 37 degrees Celsius for 2 min. After 1 min reaction time, 4 uL of the reaction mixture were withdrawn for plunge freezing.
試料支持詳細: Operated at 15 mA, easiGlow Discharge Cleaning system (Pelco)
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher ...詳細: Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 82 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 1.13 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8982

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.56粒子像選択
2EPU2.8.1画像取得
4Gctf0.53CTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
10ERRASERモデル精密化phenix/1.14 and phenix/rosetta
11LIBGccp4-8.0モデル精密化
12cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.3分類
15cryoSPARC3.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1883839
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39441 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: The atomic model of the E. coli 70S ribosome (PDB ID: 7N1P) was initially docked into the postprocessed density maps with UCSF Chimera and manually adjusted in Coot. All models were refined ...詳細: The atomic model of the E. coli 70S ribosome (PDB ID: 7N1P) was initially docked into the postprocessed density maps with UCSF Chimera and manually adjusted in Coot. All models were refined over multiple rounds using the module phenix.real_space_refine in PHENIX and interactive model building and refinement in Coot, using libG restraints for the RNAs.
原子モデル構築PDB-ID: 7N1P

7n1p


Accession code: 7N1P / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002207579
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.516312976
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.47485368
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03140184
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00715180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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