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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r6s | |||||||||||||||
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タイトル | Plastid-encoded RNA polymerase (Integrated model) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Transcription / chloroplast / RNA polymerase / photosynthesis | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / chloroplast / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Sinapis alba (シロガラシ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Webster, M.W. / Pramanick, I. / Vergara-Cruces, A. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Structure of the plant plastid-encoded RNA polymerase. 著者: Ángel Vergara-Cruces / Ishika Pramanick / David Pearce / Vinod K Vogirala / Matthew J Byrne / Jason K K Low / Michael W Webster / 要旨: Chloroplast genes encoding photosynthesis-associated proteins are predominantly transcribed by the plastid-encoded RNA polymerase (PEP). PEP is a multi-subunit complex composed of plastid-encoded ...Chloroplast genes encoding photosynthesis-associated proteins are predominantly transcribed by the plastid-encoded RNA polymerase (PEP). PEP is a multi-subunit complex composed of plastid-encoded subunits similar to bacterial RNA polymerases (RNAPs) stably bound to a set of nuclear-encoded PEP-associated proteins (PAPs). PAPs are essential to PEP activity and chloroplast biogenesis, but their roles are poorly defined. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of native 21-subunit PEP and a PEP transcription elongation complex from white mustard (Sinapis alba). We identify that PAPs encase the core polymerase, forming extensive interactions that likely promote complex assembly and stability. During elongation, PAPs interact with DNA downstream of the transcription bubble and with the nascent mRNA. The models reveal details of the superoxide dismutase, lysine methyltransferase, thioredoxin, and amino acid ligase enzymes that are subunits of PEP. Collectively, these data provide a foundation for the mechanistic understanding of chloroplast transcription and its role in plant growth and adaptation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r6s.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r6s.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8r6s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r6s_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r6s_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8r6s_validation.xml.gz | 197.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r6s_validation.cif.gz | 309.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37945.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M610 #2: タンパク質 | | 分子量: 121209.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M5W1 #3: タンパク質 | | 分子量: 78761.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M5W0, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 156388.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M829 |
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-タンパク質 , 15種, 16分子 FGHIJKLMNOPQRSTU
#5: タンパク質 | 分子量: 103467.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
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#6: タンパク質 | 分子量: 96112.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 79815.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#8: タンパク質 | 分子量: 30273.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#9: タンパク質 | 分子量: 60884.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#10: タンパク質 | 分子量: 52435.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#11: タンパク質 | 分子量: 55675.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#12: タンパク質 | 分子量: 38039.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#13: タンパク質 | 分子量: 34008.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||
#14: タンパク質 | 分子量: 20954.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) #15: タンパク質 | | 分子量: 85121.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) #16: タンパク質 | | 分子量: 18835.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) #17: タンパク質 | | 分子量: 68527.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) #18: タンパク質 | | 分子量: 16429.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) #19: タンパク質 | | 分子量: 20915.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) |
-非ポリマー , 4種, 259分子
#20: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-SAH / | #23: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Plastid-encoded RNA polymerase (Integrated model) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sinapis alba (シロガラシ) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 613537 / 対称性のタイプ: POINT |