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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r60 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | 1918 H1N1 Viral polymerase heterotrimer in complex with 4 repeat serine-5 phosphorylated PolII peptide | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / influenza / polymerase / PolII-CTD | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Keown, J.R. / Carrique, L. / Fodor, E. / Grimes, J.M. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: 1918 H1N1 Viral polymerase heterotrimer in complex with 4 repeat serine-5 phosphorylated PolII peptide 著者: Keown, J.R. / Carrique, L. / Fodor, E. / Grimes, J.M. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 840.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 551.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18945MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ACB
#1: タンパク質 | 分子量: 82663.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q3HM39 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 102377.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PB2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q3HM41 |
#6: タンパク質 | 分子量: 86625.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PB1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q3HM40, RNA-directed RNA polymerase |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 DE
#3: RNA鎖 | 分子量: 4862.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 5335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3216.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 1918 H1N1 influenza virus heterotrimer in complex with a 4 repeat serine 5 phosphorylated peptide from PolII CTD タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 303608 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: Rigid body fit of the polymerase heterotrimer 7NHX followed by model building of the PolII peptide |
原子モデル構築 | PDB-ID: 7NHX Accession code: 7NHX / Source name: PDB / タイプ: experimental model |