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万見
- PDB-8r5o: Plastid-encoded RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r5o
タイトルPlastid-encoded RNA polymerase
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • FLN2
  • PAP1
  • PAP10
  • PAP11
  • PAP12
  • PAP2
  • PAP3
  • PAP4
  • PAP5
  • PAP6
  • PAP7
  • PAP8
  • PAP9
  • PTAC18
キーワードGENE REGULATION / Transcription / chloroplast / RNA polymerase / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / chloroplast / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime ...DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
類似検索 - 構成要素
生物種Sinapis alba (シロガラシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Webster, M.W. / Pramanick, I. / Vergara-Cruces, A.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P013511/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01102X/1 英国
Royal SocietyRGS/R2/222157 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)NT33824 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of the plant plastid-encoded RNA polymerase.
著者: Ángel Vergara-Cruces / Ishika Pramanick / David Pearce / Vinod K Vogirala / Matthew J Byrne / Jason K K Low / Michael W Webster /
要旨: Chloroplast genes encoding photosynthesis-associated proteins are predominantly transcribed by the plastid-encoded RNA polymerase (PEP). PEP is a multi-subunit complex composed of plastid-encoded ...Chloroplast genes encoding photosynthesis-associated proteins are predominantly transcribed by the plastid-encoded RNA polymerase (PEP). PEP is a multi-subunit complex composed of plastid-encoded subunits similar to bacterial RNA polymerases (RNAPs) stably bound to a set of nuclear-encoded PEP-associated proteins (PAPs). PAPs are essential to PEP activity and chloroplast biogenesis, but their roles are poorly defined. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of native 21-subunit PEP and a PEP transcription elongation complex from white mustard (Sinapis alba). We identify that PAPs encase the core polymerase, forming extensive interactions that likely promote complex assembly and stability. During elongation, PAPs interact with DNA downstream of the transcription bubble and with the nascent mRNA. The models reveal details of the superoxide dismutase, lysine methyltransferase, thioredoxin, and amino acid ligase enzymes that are subunits of PEP. Collectively, these data provide a foundation for the mechanistic understanding of chloroplast transcription and its role in plant growth and adaptation.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
F: PAP1
G: PAP2
H: PAP3
I: PAP4
J: PAP5
K: PAP6
L: PAP7
M: PAP8
N: PAP9
O: PAP10
P: PAP10
Q: PAP11
R: PAP12
S: FLN2
T: PTAC18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,214,34724
ポリマ－1,213,78620
非ポリマー5624
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量: 37945.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M610
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 121209.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M5W1
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase subunit beta'


分子量: 78761.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M5W0, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta''


分子量: 156388.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M829

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タンパク質 , 14種, 15分子 FGHIJKLMNOPQRST

#5: タンパク質 PAP1


分子量: 103467.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#6: タンパク質 PAP2


分子量: 96112.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#7: タンパク質 PAP3


分子量: 79815.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#8: タンパク質 PAP4


分子量: 30273.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#9: タンパク質 PAP5


分子量: 60884.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#10: タンパク質 PAP6


分子量: 52435.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#11: タンパク質 PAP7


分子量: 55675.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#12: タンパク質 PAP8


分子量: 38039.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#13: タンパク質 PAP9


分子量: 34008.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#14: タンパク質 PAP10


分子量: 20954.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#15: タンパク質 PAP11


分子量: 85121.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#16: タンパク質 PAP12


分子量: 18835.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#17: タンパク質 FLN2


分子量: 68527.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#18: タンパク質 PTAC18


分子量: 16429.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)

-
非ポリマー , 4種, 259分子

#19: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plastid-encoded RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 613537 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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