[日本語] English
万見
- PDB-8qu1: mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qu1
タイトルmt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 1
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S ribosomal RNA
  • mitochondrial tRNAVal
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / Assembly / GTPBP8
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA import into mitochondrion / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center ...rRNA import into mitochondrion / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L37/S30 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily ...Ribosomal protein L37/S30 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein uL11m
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Valentin Gese, G. / Cipullo, M. / Rorbach, J. / Hallberg, B.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: GTPBP8 plays a role in mitoribosome formation in human mitochondria.
著者: Miriam Cipullo / Genís Valentín Gesé / Shreekara Gopalakrishna / Annika Krueger / Vivian Lobo / Maria A Pirozhkova / James Marks / Petra Páleníková / Dmitrii Shiriaev / Yong Liu / ...著者: Miriam Cipullo / Genís Valentín Gesé / Shreekara Gopalakrishna / Annika Krueger / Vivian Lobo / Maria A Pirozhkova / James Marks / Petra Páleníková / Dmitrii Shiriaev / Yong Liu / Jelena Misic / Yu Cai / Minh Duc Nguyen / Abubakar Abdelbagi / Xinping Li / Michal Minczuk / Markus Hafner / Daniel Benhalevy / Aishe A Sarshad / Ilian Atanassov / B Martin Hällberg / Joanna Rorbach /
要旨: Mitochondrial gene expression relies on mitoribosomes to translate mitochondrial mRNAs. The biogenesis of mitoribosomes is an intricate process involving multiple assembly factors. Among these ...Mitochondrial gene expression relies on mitoribosomes to translate mitochondrial mRNAs. The biogenesis of mitoribosomes is an intricate process involving multiple assembly factors. Among these factors, GTP-binding proteins (GTPBPs) play important roles. In bacterial systems, numerous GTPBPs are required for ribosome subunit maturation, with EngB being a GTPBP involved in the ribosomal large subunit assembly. In this study, we focus on exploring the function of GTPBP8, the human homolog of EngB. We find that ablation of GTPBP8 leads to the inhibition of mitochondrial translation, resulting in significant impairment of oxidative phosphorylation. Structural analysis of mitoribosomes from GTPBP8 knock-out cells shows the accumulation of mitoribosomal large subunit assembly intermediates that are incapable of forming functional monosomes. Furthermore, fPAR-CLIP analysis reveals that GTPBP8 is an RNA-binding protein that interacts specifically with the mitochondrial ribosome large subunit 16 S rRNA. Our study highlights the role of GTPBP8 as a component of the mitochondrial gene expression machinery involved in mitochondrial large subunit maturation.
履歴
登録2023年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: mitochondrial tRNAVal
D: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
E: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
H: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
I: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
J: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
K: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
L: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
N: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
O: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
P: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
Q: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
T: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
U: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
V: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
Y: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
Z: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
0: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
1: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
2: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
5: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
6: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,237,16330
ポリマ－1,237,16330
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area128390 Å2
ΔGint-951 kcal/mol
Surface area356710 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1025814679
#2: RNA鎖 mitochondrial tRNAVal


分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1485738021

+
39S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 DEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ012356

#3: タンパク質 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#4: タンパク質 39S ribosomal protein L3, mitochondrial / L3mt / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#5: タンパク質 39S ribosomal protein L4, mitochondrial / L4mt / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#6: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial / L9mt / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#7: タンパク質 39S ribosomal protein L10, mitochondrial / L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / L8mt / MRP-L8 / Mitochondrial large ...L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / L8mt / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#8: タンパク質 39S ribosomal protein L11, mitochondrial / L11mt / MRP-L11 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL11m


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#9: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m


分子量: 20722.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#10: タンパク質 39S ribosomal protein L14, mitochondrial / L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ...L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#11: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#12: タンパク質 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / L16mt / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#13: タンパク質 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / L17mt / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#14: タンパク質 39S ribosomal protein L18, mitochondrial / L18mt / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m


分子量: 20607.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0U6
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / L19mt / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ...L19mt / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#16: タンパク質 39S ribosomal protein L20, mitochondrial / L20mt / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#17: タンパク質 39S ribosomal protein L21, mitochondrial / L21mt / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#18: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ...L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m


分子量: 23683.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWU5
#19: タンパク質 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / ...MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16540
#20: タンパク質 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / L24mt / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#21: タンパク質 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / L27mt / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#22: タンパク質 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / ...L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#23: タンパク質 39S ribosomal protein L47, mitochondrial / L47mt / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma ...L47mt / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#24: タンパク質 39S ribosomal protein L30, mitochondrial / L30mt / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Mitochondrial large ...L30mt / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#26: タンパク質 39S ribosomal protein L33, mitochondrial / L33mt / MRP-L33 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL33m


分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75394
#27: タンパク質 39S ribosomal protein L34, mitochondrial / L34mt / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#28: タンパク質 39S ribosomal protein L35, mitochondrial / L35mt / MRP-L35 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL35m


分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZE8
#29: タンパク質 39S ribosomal protein L37, mitochondrial / L37mt / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ...L37mt / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#30: タンパク質 39S ribosomal protein L38, mitochondrial / L38mt / MRP-L38 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DV4

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: mtLSU assembly intermediate (State 1) / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
Entity ID: #25-#28, #9-#10, #13-#17, #21-#24, #3, #29-#30, #2, #4-#6, #11-#12, #18-#20, #1, #7-#8
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: Ice
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

-
解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 404181
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41197 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る