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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qt6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase | ||||||
![]() | FAD-binding FR-type domain-containing protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / NADPH oxidase / ROS producing / flavoprotein / heme protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
![]() | Dubach, V.R.A. / San Segundo-Acosta, P. / Murphy, B.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic insights into Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase. 著者: Victor R A Dubach / Pablo San Segundo-Acosta / Bonnie J Murphy / ![]() ![]() 要旨: Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidases (NOXs) have a major role in the physiology of eukaryotic cells by mediating reactive oxygen species production. Evolutionarily distant ...Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidases (NOXs) have a major role in the physiology of eukaryotic cells by mediating reactive oxygen species production. Evolutionarily distant proteins with the NOX catalytic core have been found in bacteria, including Streptococcus pneumoniae NOX (SpNOX), which is proposed as a model for studying NOXs because of its high activity and stability in detergent micelles. We present here cryo-electron microscopy structures of substrate-free and nicotinamide adenine dinucleotide (NADH)-bound SpNOX and of NADPH-bound wild-type and F397A SpNOX under turnover conditions. These high-resolution structures provide insights into the electron-transfer pathway and reveal a hydride-transfer mechanism regulated by the displacement of F397. We conducted structure-guided mutagenesis and biochemical analyses that explain the absence of substrate specificity toward NADPH and suggest the mechanism behind constitutive activity. Our study presents the structural basis underlying SpNOX enzymatic activity and sheds light on its potential in vivo function. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46060.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: spr0531 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 215000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.96 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18433 / 詳細: Movies were collected in EER format. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Movies were collected in EER format and not gain corrected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 8765912 詳細: These are the combined particles from two different Topaz models and a crYOLO model and contains duplicate particles. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 397972 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Final refinement was local refinement in cryoSPARC 4.0 using a mask that excludes the detergent micelle. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: Q8CZ28 / Chain residue range: 1-400 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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