[日本語] English
万見
- PDB-8qsj: Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qsj
タイトルHuman mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 46
  • (Mitochondrial ...) x 2
  • 16S rRNA
  • 5-methylcytosine rRNA methyltransferase NSUN4
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
  • Large ribosomal subunit protein mL43
  • MIEF1 upstream open reading frame protein
  • Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
  • Ribosomal protein 63, mitochondrial
  • Transcription termination factor 4, mitochondrial
  • tRNA-Val
キーワードRIBOSOME / mitochondria / maturation / biogenesis / GTPBP7 / MTG1 / LSU
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of respiratory system process / rRNA modification in the mitochondrion / regulation of mitochondrial translation / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation ...regulation of respiratory system process / rRNA modification in the mitochondrion / regulation of mitochondrial translation / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / rRNA import into mitochondrion / rRNA methyltransferase activity / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial ribosome assembly / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit binding / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial fission / camera-type eye development / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial small ribosomal subunit / rRNA methylation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / acyl binding / anatomical structure morphogenesis / Complex I biogenesis / acyl carrier activity / Respiratory electron transport / RNA processing / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / rescue of stalled ribosome / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / : / ribosomal large subunit biogenesis / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / methyltransferase activity / Mitochondrial protein degradation / fatty acid binding / mitochondrial membrane / aerobic respiration / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / rRNA processing / cell junction / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / heart development / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / mitochondrial inner membrane / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / GTPase activity / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / GTP binding / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTPase, MTG1 / GTP-binding protein, ribosome biogenesis / : / Mitochondrial termination factor repeats / Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic / MTERF superfamily, mitochondrial/chloroplastic / mTERF / MIEF1-MP, LYR domain / Ribosomal silencing factor during starvation / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS ...GTPase, MTG1 / GTP-binding protein, ribosome biogenesis / : / Mitochondrial termination factor repeats / Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic / MTERF superfamily, mitochondrial/chloroplastic / mTERF / MIEF1-MP, LYR domain / Ribosomal silencing factor during starvation / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / : / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / : / : / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / : / Mitoribosomal protein mL52 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / : / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / : / Acyl carrier protein (ACP) / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L10-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Chem-PM8 / S-ADENOSYLMETHIONINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Chem-PM8 / S-ADENOSYLMETHIONINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Transcription termination factor 4, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL55 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / 5-methylcytosine rRNA methyltransferase NSUN4 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 / Large ribosomal subunit protein mL53 / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Mitochondrial ribosome-associated GTPase 1 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ritter, C. / Nguyen, T.G. / Kummer, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0067360 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the role of GTPBP10 in the RNA maturation of the mitoribosome.
著者: Thu Giang Nguyen / Christina Ritter / Eva Kummer /
要旨: Mitochondria contain their own genetic information and a dedicated translation system to express it. The mitochondrial ribosome is assembled from mitochondrial-encoded RNA and nuclear-encoded ...Mitochondria contain their own genetic information and a dedicated translation system to express it. The mitochondrial ribosome is assembled from mitochondrial-encoded RNA and nuclear-encoded ribosomal proteins. Assembly is coordinated in the mitochondrial matrix by biogenesis factors that transiently associate with the maturing particle. Here, we present a structural snapshot of a large mitoribosomal subunit assembly intermediate containing 7 biogenesis factors including the GTPases GTPBP7 and GTPBP10. Our structure illustrates how GTPBP10 aids the folding of the ribosomal RNA during the biogenesis process, how this process is related to bacterial ribosome biogenesis, and why mitochondria require two biogenesis factors in contrast to only one in bacteria.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年6月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.details / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code / _struct_ref_seq.seq_align_beg

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
1: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
2: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
4: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
5: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
6: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
7: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
8: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
9: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
A: 16S rRNA
B: tRNA-Val
D: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
E: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
H: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
I: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
J: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
K: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
L: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
N: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
O: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
P: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
Q: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
T: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
U: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
V: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
Y: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
Z: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
a: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
b: Large ribosomal subunit protein mL43
c: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
d: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
e: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
f: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
g: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
h: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
i: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
j: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
k: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
l: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
m: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
o: Ribosomal protein 63, mitochondrial
p: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
q: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
r: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
s: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
u: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
v: MIEF1 upstream open reading frame protein
w: Acyl carrier protein, mitochondrial
x: 5-methylcytosine rRNA methyltransferase NSUN4
y: Transcription termination factor 4, mitochondrial
z: Mitochondrial ribosome-associated GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,932,367102
ポリマ－1,929,72058
非ポリマー2,64744
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
39S ribosomal protein ... , 46種, 46分子 0123456789DEFHIJKLMNOPQRSTUVWX...

#1: タンパク質 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#2: タンパク質 39S ribosomal protein L33, mitochondrial / L33mt / MRP-L33 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL33m


分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75394
#3: タンパク質 39S ribosomal protein L34, mitochondrial / L34mt / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#4: タンパク質 39S ribosomal protein L35, mitochondrial / L35mt / MRP-L35 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL35m


分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZE8
#5: タンパク質 39S ribosomal protein L36, mitochondrial / L36mt / MRP-L36 / BRCA1-interacting protein 1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL36m


分子量: 11809.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J6
#6: タンパク質 39S ribosomal protein L37, mitochondrial / L37mt / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ...L37mt / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#7: タンパク質 39S ribosomal protein L38, mitochondrial / L38mt / MRP-L38 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DV4
#8: タンパク質 39S ribosomal protein L39, mitochondrial / L39mt / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / L5mt / MRP-L5 / Mitochondrial large ...L39mt / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / L5mt / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL39


分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYK5
#9: タンパク質 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / L40mt / MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal- ...L40mt / MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome / Up-regulated in metastasis


分子量: 24534.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQ50
#10: タンパク質 39S ribosomal protein L41, mitochondrial / L41mt / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal ...L41mt / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL41


分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXM3
#13: タンパク質 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#14: タンパク質 39S ribosomal protein L3, mitochondrial / L3mt / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L4, mitochondrial / L4mt / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#16: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial / L9mt / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#17: タンパク質 39S ribosomal protein L10, mitochondrial / L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / L8mt / MRP-L8 / Mitochondrial large ...L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / L8mt / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#18: タンパク質 39S ribosomal protein L11, mitochondrial / L11mt / MRP-L11 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL11m


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#19: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / L13mt / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m


分子量: 20765.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#20: タンパク質 39S ribosomal protein L14, mitochondrial / L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ...L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#21: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#22: タンパク質 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / L16mt / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#23: タンパク質 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / L17mt / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#24: タンパク質 39S ribosomal protein L18, mitochondrial / L18mt / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m


分子量: 20607.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0U6
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / L19mt / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ...L19mt / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#26: タンパク質 39S ribosomal protein L20, mitochondrial / L20mt / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#27: タンパク質 39S ribosomal protein L21, mitochondrial / L21mt / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#28: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ...L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m


分子量: 23683.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWU5
#29: タンパク質 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein ...L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17849.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16540
#30: タンパク質 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / L24mt / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#31: タンパク質 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / L27mt / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#32: タンパク質 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / ...L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#33: タンパク質 39S ribosomal protein L47, mitochondrial / L47mt / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma ...L47mt / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#34: タンパク質 39S ribosomal protein L30, mitochondrial / L30mt / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Mitochondrial large ...L30mt / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#35: タンパク質 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / L42mt / MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / L31mt / MRP-L31 / Mitochondrial large ...L42mt / MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / L31mt / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL42


分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6G3
#37: タンパク質 39S ribosomal protein L44, mitochondrial / L44mt / MRP-L44 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL44


分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#38: タンパク質 39S ribosomal protein L45, mitochondrial / L45mt / MRP-L45 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL45


分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#39: タンパク質 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / L46mt / MRP-L46 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL46 / P2ECSL


分子量: 31748.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2W6
#40: タンパク質 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / L48mt / MRP-L48 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL48


分子量: 23970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GC5
#41: タンパク質 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / L49mt / MRP-L49 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13405
#42: タンパク質 39S ribosomal protein L50, mitochondrial / L50mt / MRP-L50 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL50


分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5N7
#43: タンパク質 39S ribosomal protein L51, mitochondrial / L51mt / MRP-L51 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R6
#44: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / L52mt / MRP-L52 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL52


分子量: 13682.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TS9
#45: タンパク質 39S ribosomal protein L53, mitochondrial / MRP-L53 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL53


分子量: 12125.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL3
#46: タンパク質 39S ribosomal protein L54, mitochondrial / L54mt / MRP-L54 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL54


分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P161
#47: タンパク質 39S ribosomal protein L55, mitochondrial / L55mt / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ...L55mt / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL55


分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7F7
#51: タンパク質 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / MRP-S18-a / Mrps18a / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / ...MRP-S18-a / Mrps18a / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bS18a / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL66


分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVS2
#52: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / MRP-S30 / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ...MRP-S30 / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP92

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#11: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 512186.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...) ...詳細: Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...),Unidentified RNA sequence at 3' end modelled as AUAUAU(...)
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1530720620
#12: RNA鎖 tRNA-Val


分子量: 22961.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1896813692

-
タンパク質 , 8種, 8分子 bopqvwxy

#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43 / 39S ribosomal protein L43 / mitochondrial / L43mt / MRP-L43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 23352.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983
#48: タンパク質 Ribosomal protein 63, mitochondrial / hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / ...hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6
#49: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL62


分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase
#50: タンパク質 Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL64 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8
#54: タンパク質 MIEF1 upstream open reading frame protein


分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0R8F8
#55: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17434.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561
#56: タンパク質 5-methylcytosine rRNA methyltransferase NSUN4 / NOL1/NOP2/Sun domain family member 4


分子量: 43140.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q96CB9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#57: タンパク質 Transcription termination factor 4, mitochondrial / Mitochondrial transcription termination factor 4 / mTERF domain-containing protein 2


分子量: 44012.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6M4

-
Mitochondrial ... , 2種, 2分子 uz

#53: タンパク質 Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1


分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EH3
#58: タンパク質 Mitochondrial ribosome-associated GTPase 1 / GTP-binding protein 7 / Mitochondrial GTPase 1


分子量: 37292.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BT17

-
非ポリマー , 6種, 44分子

#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#60: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#61: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物 ChemComp-PM8 / S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE


分子量: 496.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N2O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#63: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#64: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#15, #17, #16, #18-#35, #37-#58 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68901 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002113807
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.435161003
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.2928348
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03318809
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00315193

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る