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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qrv | |||||||||
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タイトル | ASCT2 protomer in lipid nanodiscs under low Na+ concentration in the outward-facing state (OFS) | |||||||||
要素 | Neutral amino acid transporter B(0) | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / neutral amino acid exchanger amino acid transport system elevator transporter glutamine transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine secretion / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-glutamine import across plasma membrane / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane ...glutamine secretion / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-glutamine import across plasma membrane / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / antiporter activity / amino acid transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein homotrimerization / transport across blood-brain barrier / RHOH GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / erythrocyte differentiation / basal plasma membrane / melanosome / signaling receptor activity / virus receptor activity / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Borowska, A. / Rheinberger, J. / Paulino, C. / Slotboom, D.J. | |||||||||
資金援助 | オランダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis of the obligatory exchange mode of human neutral amino acid transporter ASCT2. 著者: Anna M Borowska / Maria Gabriella Chiariello / Alisa A Garaeva / Jan Rheinberger / Siewert J Marrink / Cristina Paulino / Dirk J Slotboom / 要旨: ASCT2 is an obligate exchanger of neutral amino acids, contributing to cellular amino acid homeostasis. ASCT2 belongs to the same family (SLC1) as Excitatory Amino Acid Transporters (EAATs) that ...ASCT2 is an obligate exchanger of neutral amino acids, contributing to cellular amino acid homeostasis. ASCT2 belongs to the same family (SLC1) as Excitatory Amino Acid Transporters (EAATs) that concentrate glutamate in the cytosol. The mechanism that makes ASCT2 an exchanger rather than a concentrator remains enigmatic. Here, we employ cryo-electron microscopy and molecular dynamics simulations to elucidate the structural basis of the exchange mechanism of ASCT2. We establish that ASCT2 binds three Na ions per transported substrate and visits a state that likely acts as checkpoint in preventing Na ion leakage, both features shared with EAATs. However, in contrast to EAATs, ASCT2 retains one Na ion even under Na-depleted conditions. We demonstrate that ASCT2 cannot undergo the structural transition in TM7 that is essential for the concentrative transport cycle of EAATs. This structural rigidity and the high-affinity Na binding site effectively confine ASCT2 to an exchange mode. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qrv.cif.gz | 92.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qrv.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qrv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qrv_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qrv_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qrv_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qrv_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/8qrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/8qrv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18627MC 8qroC 8qrpC 8qrqC 8qrrC 8qrsC 8qruC 8qrwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57467.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A5, ASCT2, M7V1, RDR, RDRC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q15758 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ASCT2 in MSP2N2 lipid nanodiscs in the presence of K+ ions タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.0534 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris pH 7.4, 200 mM KCl |
試料 | 濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 5 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 48924 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4145 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3256089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137822 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: The number of particles is the number of protomers from C3-expanded particles 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6MPB Accession code: 6MPB / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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