[日本語] English
万見
- PDB-8qoe: Inward-facing conformation of the ABC transporter BmrA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qoe
タイトルInward-facing conformation of the ABC transporter BmrA
要素Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein BmrA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / drug efflux pump / homodimer / membrane protein / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein BmrA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Di Cesare, M. / Kaplan, E. / Valimehr, S. / Hanssen, E. / Orelle, C. / Jault, J.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0023 フランス
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: The transport activity of the multidrug ABC transporter BmrA does not require a wide separation of the nucleotide-binding domains.
著者: Margot Di Cesare / Elise Kaplan / Julia Rendon / Guillaume Gerbaud / Sepideh Valimehr / Alexia Gobet / Thu-Anh Thi Ngo / Vincent Chaptal / Pierre Falson / Marlène Martinho / Pierre Dorlet / ...著者: Margot Di Cesare / Elise Kaplan / Julia Rendon / Guillaume Gerbaud / Sepideh Valimehr / Alexia Gobet / Thu-Anh Thi Ngo / Vincent Chaptal / Pierre Falson / Marlène Martinho / Pierre Dorlet / Eric Hanssen / Jean-Michel Jault / Cédric Orelle /
要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters are ubiquitous membrane proteins responsible for the translocation of a wide diversity of substrates across biological membranes. Some of them confer multidrug ...ATP-binding cassette (ABC) transporters are ubiquitous membrane proteins responsible for the translocation of a wide diversity of substrates across biological membranes. Some of them confer multidrug or antimicrobial resistance to cancer cells and pathogenic microorganisms, respectively. Despite a wealth of structural data gained in the last two decades, the molecular mechanism of these multidrug efflux pumps remains elusive, including the extent of separation between the two nucleotide-binding domains (NBDs) during the transport cycle. Based on recent outward-facing structures of BmrA, a homodimeric multidrug ABC transporter from Bacillus subtilis, we introduced a cysteine mutation near the C-terminal end of the NBDs to analyze the impact of disulfide-bond formation on BmrA function. Interestingly, the presence of the disulfide bond between the NBDs did not prevent the ATPase, nor did it affect the transport of Hoechst 33342 and doxorubicin. Yet, the 7-amino-actinomycin D was less efficiently transported, suggesting that a further opening of the transporter might improve its ability to translocate this larger compound. We solved by cryo-EM the apo structures of the cross-linked mutant and the WT protein. Both structures are highly similar, showing an intermediate opening between their NBDs while their C-terminal extremities remain in close proximity. Distance measurements obtained by electron paramagnetic resonance spectroscopy support the intermediate opening found in these 3D structures. Overall, our data suggest that the NBDs of BmrA function with a tweezers-like mechanism distinct from the related lipid A exporter MsbA.
履歴
登録2023年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein BmrA
A: Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein BmrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,6502
ポリマ－132,6502
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein BmrA


分子量: 66324.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bmrA, yvcC, BSU34820 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: O06967, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: ABC transporter BmrA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: bmrA, yvcC, BSU34820
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41
緩衝液pH: 8 / 詳細: pH adjustment with sodium hydroxide
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazine ethanesulfonic acidC8H18N2O4S1
250 mMSodium ChlorideNaCl1
30.035 %n-Dodecyl-B-D-maltopyranosideC24H46O111
40.03 %Sodium CholateC24H39NaO51
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択blob picker was used to select particles
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正Patch CTF estimation was used
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10Cootモデル精密化
11cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.3.1３次元再構成
15cryoSPARC4.1.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3972311
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1043614 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: Initial local fitting was done using Chimera.
原子モデル構築PDB-ID: 8CHB

8chb


Accession code: 8CHB / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る