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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qo9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Stark, H. / Luehrmann, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: New insights into the functions of B complex proteins revealed by cryo-EM of dimerized spliceosomes 著者: Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Stark, H. / Luehrmann, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18529MC ![]() 8q7nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Splicing factor 3B subunit ... , 6種, 6分子 B4B2B5B3B1B6
#1: タンパク質 | 分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 14606.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 5分子 8G9H7
#2: タンパク質 | 分子量: 49327.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 58934.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #27: タンパク質 | | 分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 5種, 5分子 25Z46
#6: RNA鎖 | ![]() 分子量: 60170.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#34: RNA鎖 | ![]() 分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#39: RNA鎖 | 分子量: 111300.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: RNA鎖 | ![]() 分子量: 46181.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#50: RNA鎖 | ![]() 分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 19種, 23分子 BP5b2b4bxyvwzWQDXKNAISCMTrs
#8: タンパク質 | 分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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#18: タンパク質 | 分子量: 24642.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #30: タンパク質 | 分子量: 65731.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #31: タンパク質 | 分子量: 57616.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #32: タンパク質 | | 分子量: 27798.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #33: タンパク質 | | 分子量: 19230.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #35: タンパク質 | | 分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #36: タンパク質 | | 分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #37: タンパク質 | | 分子量: 42575.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #38: タンパク質 | | 分子量: 52050.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #42: タンパク質 | | 分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #43: タンパク質 | | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #44: タンパク質 | | 分子量: 37563.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #45: タンパク質 | | 分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #46: タンパク質 | | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #47: タンパク質 | | 分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #48: タンパク質 | | ![]() 分子量: 124083.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #51: タンパク質 | | 分子量: 23664.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #53: タンパク質 | | 分子量: 8560.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 62636465666768
#11: タンパク質 | 分子量: 10847.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 11859.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 15375.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 9945.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 9139.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 11617.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 10410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 18分子 5121415222425f2f4f5e2e4e5g2g4g532343
#19: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 2B2A
#25: タンパク質 | 分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#26: タンパク質 | 分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 EB
#28: タンパク質 | 分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#29: タンパク質 | 分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 LFJ
#40: タンパク質 | 分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#41: タンパク質 | 分子量: 58536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: human spliceosomal B complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成![]() | 解像度: 5.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50321 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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