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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qo9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | SPLICING / spliceosome | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase binding / microfibril / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization ...DNA topoisomerase binding / microfibril / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / protein kinase B binding / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / box C/D sno(s)RNA binding / U11/U12 snRNP / U6 snRNP / PH domain binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / dense fibrillar component / histone pre-mRNA 3'end processing complex / alternative mRNA splicing, via spliceosome / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / mRNA splice site recognition / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / box C/D methylation guide snoRNP complex / B-WICH complex / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / protein localization to kinetochore / 7-methylguanosine cap hypermethylation / transcription elongation factor activity / RNA splicing, via transesterification reactions / U1 snRNP binding / mRNA 3'-end processing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / blastocyst formation / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U4 snRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / proline-rich region binding / SMN-Sm protein complex / P granule / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase RNA binding / U2-type spliceosomal complex / telomerase holoenzyme complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA polymerase binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / P-body assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / tRNA processing / rRNA modification in the nucleus and cytosol / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of RNA splicing / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA catabolic process / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / MLL1 complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / U5 snRNA binding / U5 snRNP 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.29 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Stark, H. / Luehrmann, R. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM analyses of dimerized spliceosomes provide new insights into the functions of B complex proteins. 著者: Zhenwei Zhang / Vinay Kumar / Olexandr Dybkov / Cindy L Will / Henning Urlaub / Holger Stark / Reinhard Lührmann / ![]() ![]() 要旨: The B complex is a key intermediate stage of spliceosome assembly. To improve the structural resolution of monomeric, human spliceosomal B (hB) complexes and thereby generate a more comprehensive hB ...The B complex is a key intermediate stage of spliceosome assembly. To improve the structural resolution of monomeric, human spliceosomal B (hB) complexes and thereby generate a more comprehensive hB molecular model, we determined the cryo-EM structure of B complex dimers formed in the presence of ATP S. The enhanced resolution of these complexes allows a finer molecular dissection of how the 5' splice site (5'ss) is recognized in hB, and new insights into molecular interactions of FBP21, SNU23 and PRP38 with the U6/5'ss helix and with each other. It also reveals that SMU1 and RED are present as a heterotetrameric complex and are located at the interface of the B dimer protomers. We further show that MFAP1 and UBL5 form a 5' exon binding channel in hB, and elucidate the molecular contacts stabilizing the 5' exon at this stage. Our studies thus yield more accurate models of protein and RNA components of hB complexes. They further allow the localization of additional proteins and protein domains (such as SF3B6, BUD31 and TCERG1) whose position was not previously known, thereby uncovering new functions for B-specific and other hB proteins during pre-mRNA splicing. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18529MC ![]() 8q7nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
-Splicing factor 3B subunit ... , 6種, 6分子 B4B2B5B3B1B6
#1: タンパク質 | 分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 14606.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 5分子 8G9H7
#2: タンパク質 | 分子量: 49327.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 58934.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #27: タンパク質 | | 分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-RNA鎖 , 5種, 5分子 25Z46
#6: RNA鎖 | 分子量: 60170.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#34: RNA鎖 | 分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#39: RNA鎖 | 分子量: 111300.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#49: RNA鎖 | 分子量: 46181.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#50: RNA鎖 | 分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 19種, 23分子 BP5b2b4bxyvwzWQDXKNAISCMTrs
#8: タンパク質 | 分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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#18: タンパク質 | 分子量: 24642.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #30: タンパク質 | 分子量: 65731.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #31: タンパク質 | 分子量: 57616.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #32: タンパク質 | | 分子量: 27798.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #33: タンパク質 | | 分子量: 19230.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #35: タンパク質 | | 分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #36: タンパク質 | | 分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #37: タンパク質 | | 分子量: 42575.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #38: タンパク質 | | 分子量: 52050.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #42: タンパク質 | | 分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #43: タンパク質 | | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #44: タンパク質 | | 分子量: 37563.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #45: タンパク質 | | 分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #46: タンパク質 | | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #47: タンパク質 | | 分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #48: タンパク質 | | 分子量: 124083.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #51: タンパク質 | | 分子量: 23664.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #53: タンパク質 | | 分子量: 8560.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 62636465666768
#11: タンパク質 | 分子量: 10847.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 11859.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 15375.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 9945.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 9139.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 11617.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 10410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 18分子 5121415222425f2f4f5e2e4e5g2g4g532343
#19: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 2B2A
#25: タンパク質 | 分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#26: タンパク質 | 分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 EB
#28: タンパク質 | 分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#29: タンパク質 | 分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 LFJ
#40: タンパク質 | 分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#41: タンパク質 | 分子量: 58536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-詳細
Has protein modification | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human spliceosomal B complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50321 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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