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万見
- PDB-8qj7: Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qj7
タイトルCryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1
要素
  • (DNA polymerase alpha ...) x 2
  • DNA primase large subunit
  • DNA primase small subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand ...DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / lagging strand elongation / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / mitotic DNA replication initiation / DNA replication, synthesis of primer / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / DNA-directed RNA polymerase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / protein import into nucleus / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / ciliary basal body / DNA repair / nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit ...DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit / DNA polymerase alpha subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Yin, Z. / Pellegrini, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust221892/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2024
タイトル: CryoEM insights into RNA primer synthesis by the human primosome.
著者: Zhan Yin / Mairi L Kilkenny / De-Sheng Ker / Luca Pellegrini /
要旨: Eukaryotic DNA replication depends on the primosome - a complex of DNA polymerase alpha (Pol α) and primase - to initiate DNA synthesis by polymerisation of an RNA-DNA primer. Primer synthesis ...Eukaryotic DNA replication depends on the primosome - a complex of DNA polymerase alpha (Pol α) and primase - to initiate DNA synthesis by polymerisation of an RNA-DNA primer. Primer synthesis requires the tight coordination of primase and polymerase activities. Recent cryo-electron microscopy (cryoEM) analyses have elucidated the extensive conformational transitions required for RNA primer handover between primase and Pol α and primer elongation by Pol α. Because of the intrinsic flexibility of the primosome, however, structural information about the initiation of RNA primer synthesis is still lacking. Here, we capture cryoEM snapshots of the priming reaction to reveal the conformational trajectory of the human primosome that brings DNA primase subunits 1 and 2 (PRIM1 and PRIM2, respectively) together, poised for RNA synthesis. Furthermore, we provide experimental evidence for the continuous association of primase subunit PRIM2 with the RNA primer during primer synthesis, and for how both initiation and termination of RNA primer polymerisation are licenced by specific rearrangements of DNA polymerase alpha catalytic subunit (POLA1), the polymerase subunit of Pol α. Our findings fill a critical gap in our understanding of the conformational changes that underpin the synthesis of the RNA primer by the primosome. Together with existing evidence, they provide a complete description of the structural dynamics of the human primosome during DNA replication initiation.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA primase small subunit
A: DNA polymerase alpha catalytic subunit
B: DNA polymerase alpha subunit B
D: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,18311
ポリマ－341,0194
非ポリマー1,1657
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#1: タンパク質 DNA primase small subunit


分子量: 49981.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49642
#4: タンパク質 DNA primase large subunit / DNA primase 58 kDa subunit / p58


分子量: 58890.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49643

-
DNA polymerase alpha ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 DNA polymerase alpha catalytic subunit


分子量: 166131.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P09884
#3: タンパク質 DNA polymerase alpha subunit B / DNA polymerase alpha 70 kDa subunit


分子量: 66015.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14181

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非ポリマー , 4種, 7分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric complex of DNA polymerase alpha-primase bound with nucleotide
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2875 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.29 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 47.78 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1850009 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319344
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51226161
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.382555
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392862
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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