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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qj7 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex ...positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / DNA primase activity / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / protein import into nucleus / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, Z. / Pellegrini, L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: FEBS J / 年: 2024 タイトル: CryoEM insights into RNA primer synthesis by the human primosome. 著者: Zhan Yin / Mairi L Kilkenny / De-Sheng Ker / Luca Pellegrini / 要旨: Eukaryotic DNA replication depends on the primosome - a complex of DNA polymerase alpha (Pol α) and primase - to initiate DNA synthesis by polymerisation of an RNA-DNA primer. Primer synthesis ...Eukaryotic DNA replication depends on the primosome - a complex of DNA polymerase alpha (Pol α) and primase - to initiate DNA synthesis by polymerisation of an RNA-DNA primer. Primer synthesis requires the tight coordination of primase and polymerase activities. Recent cryo-electron microscopy (cryoEM) analyses have elucidated the extensive conformational transitions required for RNA primer handover between primase and Pol α and primer elongation by Pol α. Because of the intrinsic flexibility of the primosome, however, structural information about the initiation of RNA primer synthesis is still lacking. Here, we capture cryoEM snapshots of the priming reaction to reveal the conformational trajectory of the human primosome that brings DNA primase subunits 1 and 2 (PRIM1 and PRIM2, respectively) together, poised for RNA synthesis. Furthermore, we provide experimental evidence for the continuous association of primase subunit PRIM2 with the RNA primer during primer synthesis, and for how both initiation and termination of RNA primer polymerisation are licenced by specific rearrangements of DNA polymerase alpha catalytic subunit (POLA1), the polymerase subunit of Pol α. Our findings fill a critical gap in our understanding of the conformational changes that underpin the synthesis of the RNA primer by the primosome. Together with existing evidence, they provide a complete description of the structural dynamics of the human primosome during DNA replication initiation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qj7.cif.gz | 915.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qj7.ent.gz | 750.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qj7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qj7_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qj7_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qj7_validation.xml.gz | 77.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qj7_validation.cif.gz | 117.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qj7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17795MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 CD
#1: タンパク質 | 分子量: 49981.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P49642 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 58890.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P49643 |
-DNA polymerase alpha ... , 2種, 2分子 AB
#2: タンパク質 | 分子量: 166131.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P09884 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 66015.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14181 |
-非ポリマー , 4種, 7分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ATP / | #8: 化合物 | ChemComp-SF4 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tetrameric complex of DNA polymerase alpha-primase bound with nucleotide タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.2875 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.29 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47.78 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1850009 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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