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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qe8 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the non-canonical CTLH E3 substrate receptor WDR26 bound to NMNAT1 substrate | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / E3 ubiquitin ligase / CTLH / GID / NMNAT1 / YPEL5 / NAD / NADH | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of apoptotic DNA fragmentation / protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / GID complex / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nucleotide biosynthetic process / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Nicotinate metabolism / ATP generation from poly-ADP-D-ribose ...negative regulation of apoptotic DNA fragmentation / protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / GID complex / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nucleotide biosynthetic process / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Nicotinate metabolism / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD biosynthetic process / ubiquitin ligase complex / response to wounding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chrustowicz, J. / Sherpa, D. / Schulman, B.A. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Non-canonical substrate recognition by the human WDR26-CTLH E3 ligase regulates prodrug metabolism. 著者: Karthik V Gottemukkala / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Sara Sepic / Duc Tung Vu / Özge Karayel / Eleftheria C Papadopoulou / Annette Gross / Kenji Schorpp / Susanne von Gronau / ...著者: Karthik V Gottemukkala / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Sara Sepic / Duc Tung Vu / Özge Karayel / Eleftheria C Papadopoulou / Annette Gross / Kenji Schorpp / Susanne von Gronau / Kamyar Hadian / Peter J Murray / Matthias Mann / Brenda A Schulman / Arno F Alpi / 要旨: The yeast glucose-induced degradation-deficient (GID) E3 ubiquitin ligase forms a suite of complexes with interchangeable receptors that selectively recruit N-terminal degron motifs of metabolic ...The yeast glucose-induced degradation-deficient (GID) E3 ubiquitin ligase forms a suite of complexes with interchangeable receptors that selectively recruit N-terminal degron motifs of metabolic enzyme substrates. The orthologous higher eukaryotic C-terminal to LisH (CTLH) E3 complex has been proposed to also recognize substrates through an alternative subunit, WDR26, which promotes the formation of supramolecular CTLH E3 assemblies. Here, we discover that human WDR26 binds the metabolic enzyme nicotinamide/nicotinic-acid-mononucleotide-adenylyltransferase 1 (NMNAT1) and mediates its CTLH E3-dependent ubiquitylation independently of canonical GID/CTLH E3-family substrate receptors. The CTLH subunit YPEL5 inhibits NMNAT1 ubiquitylation and cellular turnover by WDR26-CTLH E3, thereby affecting NMNAT1-mediated metabolic activation and cytotoxicity of the prodrug tiazofurin. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of NMNAT1- and YPEL5-bound WDR26-CTLH E3 complexes reveal an internal basic degron motif of NMNAT1 essential for targeting by WDR26-CTLH E3 and degron mimicry by YPEL5's N terminus antagonizing substrate binding. Thus, our data provide a mechanistic understanding of how YPEL5-WDR26-CTLH E3 acts as a modulator of NMNAT1-dependent metabolism. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qe8.cif.gz | 367 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qe8.ent.gz | 288.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qe8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qe8_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qe8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qe8_validation.xml.gz | 65.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qe8_validation.cif.gz | 98.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qe8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qe8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18345MC 8qbnC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31982.502 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMNAT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAN9 #2: タンパク質 | 分子量: 70539.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR26, CDW2, MIP2, PRO0852 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H7D7 #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of human WDR26-CTLH E3 ligase bound to NMNAT1 タイプ: COMPLEX 詳細: Map obtained by focused refinement over NMNAT1-bound WDR26 dimer Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample mixed with 0.01% beta-OG right before plunging |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 71.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5606 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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