+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q3i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA and RbpA in State I | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / HelD / RNA polymerase / transcription initiation / Mycobacteria | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
データ登録者 | Koval, T. / Krasny, L. / Dohnalek, J. / Kouba, T. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular insights into RNA polymerase recycling by mycobacterial HelD 著者: Koval, T. / Dohnalek, L. / Libor, K. / Kouba, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q3i.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8q3i.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q3i_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8q3i_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q3i_validation.xml.gz | 103.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q3i_validation.cif.gz | 162.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18128MC 8qn8C 8qtiC 8qu6C 8r2mC 8r3mC 8r6pC 8r6rC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37959.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QSL8, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 128680.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60281, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 146712.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QS66 #4: タンパク質 | | 分子量: 11544.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: rpoZ, MSMEG_3053, MSMEI_2977 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QWT1, DNA-directed RNA polymerase |
---|
-タンパク質 , 3種, 3分子 FHJ
#5: タンパク質 | 分子量: 51573.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: sigA, MSMEG_2758 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QW02 |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 81298.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: MSMEI_2121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7G5V9 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13078.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: rbpA, MSMEG_3858, MSMEI_3768 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QZ11 |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA and RbpA in State I タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 4 / カテゴリ: 最終オイラー角割当 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75256 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|