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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pzp | ||||||
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タイトル | Model for influenza A virus helical ribonucleoprotein-like structure | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Influenza virus / Nucleocapsid-like / RNA binding protein. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chenavier, F. / Estrozi, L.F. / Zarkadas, E. / Ruigrok, R.W.H. / Schoehn, G. / Ballandras-Colas, A. / Crepin, T. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of influenza helical nucleocapsid reveals NP-NP and NP-RNA interactions as a model for the genome encapsidation. 著者: Florian Chenavier / Leandro F Estrozi / Jean-Marie Teulon / Eleftherios Zarkadas / Lily-Lorette Freslon / Jean-Luc Pellequer / Rob W H Ruigrok / Guy Schoehn / Allison Ballandras-Colas / Thibaut Crépin / 要旨: Influenza virus genome encapsidation is essential for the formation of a helical viral ribonucleoprotein (vRNP) complex composed of nucleoproteins (NP), the trimeric polymerase, and the viral genome. ...Influenza virus genome encapsidation is essential for the formation of a helical viral ribonucleoprotein (vRNP) complex composed of nucleoproteins (NP), the trimeric polymerase, and the viral genome. Although low-resolution vRNP structures are available, it remains unclear how the viral RNA is encapsidated and how NPs assemble into the helical filament specific of influenza vRNPs. In this study, we established a biological tool, the RNP-like particles assembled from recombinant influenza A virus NP and synthetic RNA, and we present the first subnanometric cryo-electron microscopy structure of the helical NP-RNA complex (8.7 to 5.3 Å). The helical RNP-like structure reveals a parallel double-stranded conformation, allowing the visualization of NP-NP and NP-RNA interactions. The RNA, located at the interface of neighboring NP protomers, interacts with conserved residues previously described as essential for the NP-RNA interaction. The NP undergoes conformational changes to enable RNA binding and helix formation. Together, our findings provide relevant insights for understanding the mechanism for influenza genome encapsidation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pzp.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pzp.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pzp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pzp_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pzp_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pzp_validation.xml.gz | 39.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pzp_validation.cif.gz | 54.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18043MC 8pzqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15151/ESRF-ES-925345214 / データの種類: other data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 51
対称性 | らせん対称: (回転対称性: 2 / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 15 / Rise per n subunits: 24.27 Å / Rotation per n subunits: 57.41 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57525.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/WSN/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1K9H2 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3623.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol 2 mM methyl-PEG8-NHS | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.23 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol Incubation overnight with 0.004 uM RNA (5'P-(UC)6-FAM3') Prior freezing, the sample was incubated 30 min on ice with 2 mM methyl-PEG8-NHS | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.9 sec. / 電子線照射量: 40.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26515 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 57.41 ° / 軸方向距離/サブユニット: 24.27 Å / らせん対称軸の対称性: C2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225892 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5TJW PDB chain-ID: A / Accession code: 5TJW / Chain residue range: 21-490 / 詳細: Fitting of the NPcore by using ChimeraX / Pdb chain residue range: 21-490 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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