PDB-8pwo: Hepatitis B core protein with bound Geraniol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pwo

タイトル

Hepatitis B core protein with bound Geraniol

要素

Capsid protein

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / geraniol Hepatitis B core protein hyfrophobic pocket pocket factor Hepatitis B virus

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus ayw/France/Tiollais/1979 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Makbul, C. / Khayenko, V. / Maric, M.H. / Bottcher, B.

資金援助

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	BO1150/17-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	MA6957/1-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	INST 93/903-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	INST 93/1042-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	INST 93/1143-1	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Peptide dimers aggregate Hepatitis B core proteins in live cells
著者: Khayenko, V. / Makbul, C. / Schulte, C. / Hemmelmann, N. / Bottcher, B. / Maric, H.M.

履歴

登録	2023年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pwo.cif.gz	195 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pwo.ent.gz	159.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pwo_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pwo_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8pwo_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	8pwo_validation.cif.gz	55.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/8pwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/8pwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	17996MC 18000C 18001C 8px3C 8px6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Capsid protein

A: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

ヘテロ分子

85.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Capsid protein

A: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

ヘテロ分子

x 60

登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
5.11 MDa, 240 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 21146.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: capsid has bound geraniol 由来: (組換発現) Hepatitis B virus ayw/France/Tiollais/1979 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03146
#2: 化合物	ChemComp-64Z / Geraniol / ゲラニオ-ル分子量: 154.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Hepatitis B virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / 株: ayw/France/Tiollais/1979
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主	生物種: Homo sapiens
ウイルス殻	直径: 360 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: plasma cleaner (model PDC-002. Harrick Plasma, Ithaca, NY, USA); at medium power of the instrument グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4875
画像スキャン	横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	Fitting-ID
1	RELION	3.1	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4	CTF補正
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング	1
9	RELION	3.1	初期オイラー角割当
10	RELION	4	最終オイラー角割当
12	RELION	4	３次元再構成
13	PHENIX		モデル精密化	1

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 331635 / 詳細: template picked

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229646 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

ID	プロトコル	空間
1	RIGID BODY FIT	REAL
2
3

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	9143
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.618	16471
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.317	3743
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.041	732
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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