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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pv2 | ||||||
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タイトル | Chaetomium thermophilum pre-60S State 10 - pre-5S rotation with Ytm1-Erb1 | ||||||
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![]() | RIBOSOME / biogenesis / pre-60S / 5S RNP | ||||||
機能・相同性 | ![]() dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / PeBoW complex / protein kinase regulator activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor ...dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / PeBoW complex / protein kinase regulator activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / post-translational protein modification / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å | ||||||
![]() | Thoms, M. / Cheng, J. / Denk, T. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into coordinating 5S RNP rotation with ITS2 pre-RNA processing during ribosome formation. 著者: Matthias Thoms / Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Lisa Fromm / Timo Denk / Nikola Kellner / Dirk Flemming / Paulina Fischer / Laurent Falquet / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt / ![]() ![]() ![]() 要旨: The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from ...The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from Chaetomium thermophilum, which consists of two sub-modules, the sphere-like Rix1-Ipi3-Ipi1 and the butterfly-like Las1-Grc3 complex, connected by a flexible linker. The Rix1 complex of the rixosome utilizes Sda1 as landing platform on nucleoplasmic pre-60S particles to wedge between the 5S rRNA tip and L1-stalk, thereby facilitating the 180° rotation of the immature 5S RNP towards its mature conformation. Upon rixosome positioning, the other sub-module with Las1 endonuclease and Grc3 polynucleotide-kinase can reach a strategic position at the pre-60S foot to cleave and 5' phosphorylate the nearby ITS2 pre-rRNA. Finally, inward movement of the L1 stalk permits the flexible Nop53 N-terminus with its AIM motif to become positioned at the base of the L1-stalk to facilitate Mtr4 helicase-exosome participation for completing ITS2 removal. Thus, the rixosome structure elucidates the coordination of two central ribosome biogenesis events, but its role in gene silencing may adapt similar strategies. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 273.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 476.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17951MC ![]() 8ptwC ![]() 8puwC ![]() 8pv1C ![]() 8pv3C ![]() 8pv4C ![]() 8pv5C ![]() 8pv6C ![]() 8pv7C ![]() 8pv8C ![]() 8pvkC ![]() 8pvlC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 C1C2C4
#1: RNA鎖 | 分子量: 1079498.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: GenBank: XR_002966752 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: GenBank: MT316345.1 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38312.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 12種, 12分子 CFCLCNCOCbCfCgChCzLJLhCJ
#4: タンパク質 | 分子量: 30526.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S616 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 61479.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SEW3 |
#8: タンパク質 | 分子量: 26468.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S683 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13262.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SHK0 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13710.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SB32 |
#13: タンパク質 | 分子量: 39927.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SF80 |
#14: タンパク質 | 分子量: 22817.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SCH6 |
#15: タンパク質 | 分子量: 57620.664 Da / 分子数: 1 / Mutation: E117D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CTHT_0055700 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: G0SC29 |
#16: タンパク質 | 分子量: 14710.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SCP3 |
#25: タンパク質 | 分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SHQ2 |
#47: タンパク質 | 分子量: 105169.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#56: タンパク質 | 分子量: 77167.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SHX6 |
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 CHCd
#5: タンパク質 | 分子量: 75621.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S8F1 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 70313.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SBX1 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 4種, 4分子 CKCQCCCD
#6: タンパク質 | 分子量: 29724.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S081 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 26434.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S497 |
#54: タンパク質 | 分子量: 90838.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SCK6 |
#55: タンパク質 | 分子量: 53003.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SFB5 |
+60S ribosomal protein ... , 27種, 28分子 LALBLCLDLELFCMLGLHLKLLLMLOLPLSLTLULVLXLYLZLaLcLeLfLiLkLp
-Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 LNLQLRLgLjLl
#29: タンパク質 | 分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0RZ88 |
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#32: タンパク質 | 分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S9B5 |
#33: タンパク質 | 分子量: 317092.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S9T3 |
#46: タンパク質 | 分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SFN0 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S101 |
#51: タンパク質 | 分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2H9R2 |
-Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq
#43: タンパク質 | 分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SD68 |
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#53: タンパク質 | 分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SHJ6 |
-非ポリマー , 4種, 13分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#57: 化合物 | #58: 化合物 | #59: 化合物 | ChemComp-ZN / #60: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.6/v10 / カテゴリ: モデルフィッティング | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66943 詳細: Note: This is a composite map. Values given for consensus refinement. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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