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- PDB-8pv1: Chaetomium thermophilum pre-60S State 6 - pre-5S rotation - L1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pv1
タイトルChaetomium thermophilum pre-60S State 6 - pre-5S rotation - L1 intermediate - composite structure
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 27
  • (Nucleolar GTP-binding protein ...) x 2
  • (Putative 60S ribosomal ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 6
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 3
  • 26S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • DUF2423 domain-containing protein
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • ITS2
  • Large ribosomal subunit protein uL10
  • Pescadillo homolog
  • Putative GTP binding protein
  • Putative RNA-binding protein
  • Putative ribosomal protein
  • Ribosome assembly protein 4
  • Ribosome biogenesis regulatory protein
  • Ribosome production factor 2 homolog
  • Utp30
  • Zinc finger domain-containing protein
  • dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
  • rRNA-processing protein
キーワードRIBOSOME / biogenesis / pre-60S / 5S RNP
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit binding / protein glycosylation / preribosome, large subunit precursor / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / maturation of LSU-rRNA ...dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit binding / protein glycosylation / preribosome, large subunit precursor / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / nucleic acid binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Centromere-binding protein ParB, C-terminal / Centromere-binding protein ParB C-terminal / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / Ribosome biogenesis protein Rpf2 / : / STT3/PglB/AglB core domain ...Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Centromere-binding protein ParB, C-terminal / Centromere-binding protein ParB C-terminal / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / Ribosome biogenesis protein Rpf2 / : / STT3/PglB/AglB core domain / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 / Nop53 (60S ribosomal biogenesis) / Cgr1-like / Cgr1 family / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Ribosomal biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) / TOG domain / TOG / : / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Domain of unknown function DUF2423 / YBL028C ribosome biogenesis factor, N-terminal domain / Guanine nucleotide-binding protein-like 3, N-terminal domain / GNL3L/Grn1 putative GTPase / HEAT-like repeat / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / : / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 / : / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L30e / GTP binding domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Ribosomal protein L28e / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L3-like protein / 60S ribosomal protein L26-like protein / Ribosomal protein L15 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L3-like protein / 60S ribosomal protein L26-like protein / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L27 / Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / 60S ribosomal protein L6 / dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase / 60S ribosomal protein l21-like protein / Ribosomal protein L37 / Putative RNA-binding protein / Putative plasmid related protein / Ribosome biogenesis protein NOP53 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / 60S ribosomal protein L2-like protein / 60S ribosomal protein L25-like protein / Large ribosomal subunit protein uL10 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / 60S ribosomal protein L43-like protein / 60S ribosomal protein L32-like protein / Uncharacterized protein / Nucleolar GTP-binding protein 1 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L18-like protein / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L8 / Zinc finger domain-containing protein / 60S ribosomal protein L36 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / Ribosome assembly protein 4 / 60S ribosomal protein L20 / Ribosome biogenesis regulatory protein / 60S ribosomal protein l33-like protein / rRNA-processing protein / Putative 60S ribosomal protein / 60S ribosomal protein L22-like protein / 60S ribosomal protein l5-like protein / 60S ribosomal protein l30-like protein / Putative GTP binding protein / Ribosome production factor 2 homolog / 60S ribosomal protein L4-like protein / 60S ribosomal protein l7-like protein / Ribosomal protein l34-like protein / 60S ribosomal protein L38-like protein / 60S ribosomal protein L12-like protein / 60S ribosomal protein l17-like protein / 60S ribosomal protein L16-like protein / Large ribosomal subunit protein eL28 / DUF2423 domain-containing protein / Putative ribosomal protein / Pescadillo homolog / 60S ribosomal protein l23-like protein / Large ribosomal subunit protein eL39
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Thoms, M. / Cheng, J. / Denk, T. / Berninghausen, O. / Beckmann, R.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023
タイトル: Structural insights into coordinating 5S RNP rotation with ITS2 pre-RNA processing during ribosome formation.
著者: Matthias Thoms / Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Lisa Fromm / Timo Denk / Nikola Kellner / Dirk Flemming / Paulina Fischer / Laurent Falquet / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from ...The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from Chaetomium thermophilum, which consists of two sub-modules, the sphere-like Rix1-Ipi3-Ipi1 and the butterfly-like Las1-Grc3 complex, connected by a flexible linker. The Rix1 complex of the rixosome utilizes Sda1 as landing platform on nucleoplasmic pre-60S particles to wedge between the 5S rRNA tip and L1-stalk, thereby facilitating the 180° rotation of the immature 5S RNP towards its mature conformation. Upon rixosome positioning, the other sub-module with Las1 endonuclease and Grc3 polynucleotide-kinase can reach a strategic position at the pre-60S foot to cleave and 5' phosphorylate the nearby ITS2 pre-rRNA. Finally, inward movement of the L1 stalk permits the flexible Nop53 N-terminus with its AIM motif to become positioned at the base of the L1-stalk to facilitate Mtr4 helicase-exosome participation for completing ITS2 removal. Thus, the rixosome structure elucidates the coordination of two central ribosome biogenesis events, but its role in gene silencing may adapt similar strategies.
履歴
登録2023年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C1: 26S rRNA
C2: 5.8S rRNA
C3: ITS2
C4: 5S rRNA
CB: Utp30
CF: Large ribosomal subunit protein uL10
CH: Nucleolar GTP-binding protein 1
CI: Putative RNA-binding protein
CJ: Pescadillo homolog
CK: Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog
CL: Putative GTP binding protein
CM: 60S ribosomal protein l7-like protein
CN: Eukaryotic translation initiation factor 6
CO: DUF2423 domain-containing protein
CQ: Ribosome biogenesis protein RLP24
Cb: Zinc finger domain-containing protein
Cd: Nucleolar GTP-binding protein 2
Ce: Ribosome biogenesis protein NOP53
Cf: Ribosome production factor 2 homolog
Cg: Ribosome biogenesis regulatory protein
Ch: Ribosome assembly protein 4
Cz: rRNA-processing protein
LA: 60S ribosomal protein L2-like protein
LB: 60S ribosomal protein L3-like protein
LC: 60S ribosomal protein L4-like protein
LD: 60S ribosomal protein l5-like protein
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein l7-like protein
LG: 60S ribosomal protein L8
LH: 60S ribosomal protein l9-like protein
LJ: Putative ribosomal protein
LK: 60S ribosomal protein L12-like protein
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14-like protein
LN: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L16-like protein
LP: 60S ribosomal protein l17-like protein
LQ: Ribosomal protein L18-like protein
LR: Ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L20
LT: 60S ribosomal protein l21-like protein
LU: 60S ribosomal protein L22-like protein
LV: 60S ribosomal protein l23-like protein
LX: 60S ribosomal protein L25-like protein
LY: 60S ribosomal protein L26-like protein
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L28-like protein
Lc: 60S ribosomal protein l30-like protein
Ld: Putative 60S ribosomal protein
Le: 60S ribosomal protein L32-like protein
Lf: 60S ribosomal protein l33-like protein
Lg: Ribosomal protein l34-like protein
Lh: dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38-like protein
Ll: Ribosomal protein eL39
Lp: 60S ribosomal protein L43-like protein
Lq: Putative 60S ribosomal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,064,12969
ポリマ－3,062,68359
非ポリマー1,44610
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 C1C2C3C4

#1: RNA鎖 26S rRNA


分子量: 1080783.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#2: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: GenBank: MT316345.1
#3: RNA鎖 ITS2


分子量: 52085.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: GenBank: 1373509168
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38312.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

-
タンパク質 , 14種, 14分子 CBCFCICJCLCNCOCbCfCgChCzLJLh

#5: タンパク質 Utp30


分子量: 43700.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S7X0
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL10 / Ribosome assembly factor mrt4 / mRNA turnover protein 4


分子量: 30526.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S616
#8: タンパク質 Putative RNA-binding protein


分子量: 45884.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1H0
#9: タンパク質 Pescadillo homolog / Nucleolar protein 7 homolog


分子量: 77167.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHX6
#11: タンパク質 Putative GTP binding protein


分子量: 61479.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEW3
#13: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26468.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S683
#14: タンパク質 DUF2423 domain-containing protein


分子量: 13262.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHK0
#16: タンパク質 Zinc finger domain-containing protein


分子量: 13710.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SB32
#19: タンパク質 Ribosome production factor 2 homolog / Ribosome biogenesis protein RPF2 homolog


分子量: 39927.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SF80
#20: タンパク質 Ribosome biogenesis regulatory protein


分子量: 22817.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCH6
#21: タンパク質 Ribosome assembly protein 4 / Notchless protein homolog 1 / Ribosome biogenesis factor RSA4


分子量: 57620.664 Da / 分子数: 1 / Mutation: E117D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0055700
発現宿主: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SC29
#22: タンパク質 rRNA-processing protein


分子量: 14710.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCP3
#30: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHQ2
#52: タンパク質 dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase


分子量: 105169.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase

-
Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 CHCd

#7: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 75621.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S8F1
#17: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 2


分子量: 70313.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SBX1

-
Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 CKCQCe

#10: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog


分子量: 29724.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S081
#15: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24


分子量: 26434.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S497
#18: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NOP53


分子量: 50981.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S495

+
60S ribosomal protein ... , 27種, 28分子 CMLFLALBLCLDLELGLHLKLLLMLOLPLSLTLULVLXLYLZLaLcLeLfLiLkLp

#12: タンパク質 60S ribosomal protein l7-like protein


分子量: 28821.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFL0
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L2-like protein


分子量: 27598.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S4P8
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L3-like protein


分子量: 44456.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RXW1
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L4-like protein


分子量: 39439.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFC3
#26: タンパク質 60S ribosomal protein l5-like protein


分子量: 35034.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEG2
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 22132.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0D6
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 29744.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SAJ9
#29: タンパク質 60S ribosomal protein l9-like protein


分子量: 25867.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: This protein component has a sample sequence that does not match the UniProt entry 'G0S0E5' and should not be mapped to any UniProt entry.
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L12-like protein


分子量: 17802.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGH8
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24191.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S992
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L14-like protein


分子量: 16111.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1R0
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L16-like protein


分子量: 22993.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SH61
#36: タンパク質 60S ribosomal protein l17-like protein


分子量: 21072.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGY1
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20341.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCE2
#40: タンパク質 60S ribosomal protein l21-like protein


分子量: 18159.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0Z3
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L22-like protein


分子量: 14302.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SDS8
#42: タンパク質 60S ribosomal protein l23-like protein


分子量: 14674.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SI44
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L25-like protein


分子量: 17175.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S507
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L26-like protein


分子量: 15565.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RYN9
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15803.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZE9
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L28-like protein


分子量: 16848.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: This protein component has a sample sequence that does not match the UniProt entry 'G0SGT6' and should not be mapped to any UniProt entry.
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#47: タンパク質 60S ribosomal protein l30-like protein


分子量: 11602.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEI0
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L32-like protein


分子量: 15095.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6V4
#50: タンパク質 60S ribosomal protein l33-like protein


分子量: 12330.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCL3
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12784.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SBN1
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L38-like protein


分子量: 10902.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SG89
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L43-like protein


分子量: 10158.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6B0

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Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 LNLQLRLgLjLl

#34: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZ88
#37: タンパク質 Ribosomal protein L18-like protein


分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9B5
#38: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 317092.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9T3
#51: タンパク質 Ribosomal protein l34-like protein


分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFN0
#54: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S101
#56: タンパク質 Ribosomal protein eL39


分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: Q2H9R2

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Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq

#48: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SD68
#58: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHJ6

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非ポリマー , 4種, 13分子

#59: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#60: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#61: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#62: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Chaetomium thermophilum pre-60S State 6 - pre-5S rotation - L1 intermediate - composite structureRIBOSOME#1-#580MULTIPLE SOURCES
2RibosomeRIBOSOME#1-#20, #22-#581NATURAL
3Ribosome assembly protein 4COMPLEX#211RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)759272
33Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)759272
由来(組換発現)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 45.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74642
詳細: Note: This is a composite map. Values given for consensus refinement.
対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 35.75 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033167520
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.661242835
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.040329728
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006118125
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.160852697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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