+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ptw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chaetomium thermophilum Rix1-complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thoms, M. / Cheng, J. / Denk, T. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into coordinating 5S RNP rotation with ITS2 pre-RNA processing during ribosome formation. 著者: Matthias Thoms / Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Lisa Fromm / Timo Denk / Nikola Kellner / Dirk Flemming / Paulina Fischer / Laurent Falquet / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt / ![]() ![]() ![]() 要旨: The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from ...The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from Chaetomium thermophilum, which consists of two sub-modules, the sphere-like Rix1-Ipi3-Ipi1 and the butterfly-like Las1-Grc3 complex, connected by a flexible linker. The Rix1 complex of the rixosome utilizes Sda1 as landing platform on nucleoplasmic pre-60S particles to wedge between the 5S rRNA tip and L1-stalk, thereby facilitating the 180° rotation of the immature 5S RNP towards its mature conformation. Upon rixosome positioning, the other sub-module with Las1 endonuclease and Grc3 polynucleotide-kinase can reach a strategic position at the pre-60S foot to cleave and 5' phosphorylate the nearby ITS2 pre-rRNA. Finally, inward movement of the L1 stalk permits the flexible Nop53 N-terminus with its AIM motif to become positioned at the base of the L1-stalk to facilitate Mtr4 helicase-exosome participation for completing ITS2 removal. Thus, the rixosome structure elucidates the coordination of two central ribosome biogenesis events, but its role in gene silencing may adapt similar strategies. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17879MC ![]() 8puwC ![]() 8pv1C ![]() 8pv2C ![]() 8pv3C ![]() 8pv4C ![]() 8pv5C ![]() 8pv6C ![]() 8pv7C ![]() 8pv8C ![]() 8pvkC ![]() 8pvlC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47627.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S1T5 #2: タンパク質 | 分子量: 84849.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S5R0 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Chaetomium thermophilum Rix1-complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 43.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 239033 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|