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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8psv | |||||||||||||||
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タイトル | 2.7 A cryo-EM structure of in vitro assembled type 1 pilus rod | |||||||||||||||
![]() | Type-1 fimbrial protein, A chain | |||||||||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / FimA / pilus / monomer / subunit / pili / main structural subunit / high resolution / cryo-EM / helical processing / RELION / Chaperone-usher pilus | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell adhesion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
![]() | Hospenthal, M. / Zyla, D. / Glockshuber, R. / Waksman, G. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The assembly platform FimD is required to obtain the most stable quaternary structure of type 1 pili. 著者: Dawid S Zyla / Thomas Wiegand / Paul Bachmann / Rafal Zdanowicz / Christoph Giese / Beat H Meier / Gabriel Waksman / Manuela K Hospenthal / Rudi Glockshuber / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Type 1 pili are important virulence factors of uropathogenic Escherichia coli that mediate bacterial attachment to epithelial cells in the urinary tract. The pilus rod is comprised of thousands of ...Type 1 pili are important virulence factors of uropathogenic Escherichia coli that mediate bacterial attachment to epithelial cells in the urinary tract. The pilus rod is comprised of thousands of copies of the main structural subunit FimA and is assembled in vivo by the assembly platform FimD. Although type 1 pilus rods can self-assemble from FimA in vitro, this reaction is slower and produces structures with lower kinetic stability against denaturants compared to in vivo-assembled rods. Our study reveals that FimD-catalysed in vitro-assembled type 1 pilus rods attain a similar stability as pilus rods assembled in vivo. Employing structural, biophysical and biochemical analyses, we show that in vitro assembly reactions lacking FimD produce pilus rods with structural defects, reducing their stability against dissociation. Overall, our results indicate that FimD is not only required for the catalysis of pilus assembly, but also to control the assembly of the most stable quaternary structure. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17863MC ![]() 6y7sC ![]() 8ptuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18121.074 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Type 1 pilus rod / タイプ: COMPLEX 詳細: Type 1 pili assembled in vitro from recombinantly expressed as inclusion bodies and refolded FimA. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 20.3 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: in ddH2O. |
試料 | 濃度: 1.58 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 ul sample, 30 s wait time, 0.5 s drain time, 6 s blotting |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 94340 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 14 sec. / 電子線照射量: 97.54 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 横: 8000 / 縦: 8000 / 動画フレーム数/画像: 56 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 115 ° / 軸方向距離/サブユニット: 7.76 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 516000 詳細: Autopicking based on the 2D classes from manually chosen filaments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11000 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 45.07 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OH0 PDB chain-ID: D / Accession code: 5OH0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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