PDB-8ps0: Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound card...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ps0

タイトル

Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound cardiolipin

要素

Na(+)/H(+) antiporter NhaA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Sodium proton exchanger / Cardiolipin / NhaA

機能・相同性

Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / sodium:proton antiporter activity / regulation of pH / plasma membrane / CARDIOLIPIN / Na(+)/H(+) antiporter NhaA

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å

データ登録者

Gulati, A. / Meier, P. / Kokane, S. / Drew, D.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound cardiolipin
著者: Kokane, S. / Meier, P. / Gulati, A. / Matsuoka, R. / Pipatpolkai, T. / Delemotte, L. / Drew, D.

履歴

登録	2023年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ps0.cif.gz	185.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ps0.ent.gz	117.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ps0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/8ps0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/8ps0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	17841MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA

B: Na(+)/H(+) antiporter NhaA

ヘテロ分子

89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Na(+)/H(+) antiporter NhaA / Sodium/proton antiporter NhaA 分子量: 42304.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: nhaA, nahA, BLM69_005044, BvCmsKKP061_01067, EL79_3853, JNP96_04275, WR15_27505 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53YW7
#2: 化合物	ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL 分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: NhaA dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影	電子線照射量: 68.11 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78917 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.47 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0026	5863
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.6258	7987
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0398	975
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0023	954
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.7491	868

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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