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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ps0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound cardiolipin | ||||||
要素 | Na(+)/H(+) antiporter NhaA | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Sodium proton exchanger / Cardiolipin / NhaA | ||||||
機能・相同性 | Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / sodium:proton antiporter activity / regulation of pH / plasma membrane / CARDIOLIPIN / Na(+)/H(+) antiporter NhaA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | ||||||
データ登録者 | Gulati, A. / Meier, P. / Kokane, S. / Drew, D. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound cardiolipin 著者: Kokane, S. / Meier, P. / Gulati, A. / Matsuoka, R. / Pipatpolkai, T. / Delemotte, L. / Drew, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ps0.cif.gz | 185.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ps0.ent.gz | 117.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ps0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ps0_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ps0_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ps0_validation.xml.gz | 41.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ps0_validation.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/8ps0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/8ps0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17841MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42304.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: nhaA, nahA, BLM69_005044, BvCmsKKP061_01067, EL79_3853, JNP96_04275, WR15_27505 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53YW7 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NhaA dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 68.11 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78917 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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