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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ppv | ||||||
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タイトル | Intermediate conformer of Pyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) bound to a primer/template substrate containing three consecutive mismatches | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Polymerase / DNA / Replication / PolD / Archaea / Editing / Proofreading / Exonuclease / Nuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA-directed DNA polymerase ...exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
![]() | Betancurt-Anzola, L. / Martinez-Carranza, M. / Zatopek, K.M. / Gardner, A.F. / Sauguet, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for proofreading by the unique exonuclease domain of Family-D DNA polymerases. 著者: Leonardo Betancurt-Anzola / Markel Martínez-Carranza / Marc Delarue / Kelly M Zatopek / Andrew F Gardner / Ludovic Sauguet / ![]() ![]() 要旨: Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. ...Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. Family D replicative DNA polymerases (PolD), found exclusively in Archaea, contain an unusual RNA polymerase-like catalytic core, and a unique Mre11-like proofreading active site. Here, we present cryo-EM structures of PolD trapped in a proofreading mode, revealing an unanticipated correction mechanism that extends the repertoire of protein domains known to be involved in DNA proofreading. Based on our experimental structures, mutants of PolD were designed and their contribution to mismatch bypass and exonuclease kinetics was determined. This study sheds light on the convergent evolution of structurally distinct families of DNA polymerases, and the domain acquisition and exchange mechanism that occurred during the evolution of the replisome in the three domains of life. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 505.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 396.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17817MC ![]() 8pptC ![]() 8ppuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA polymerase ... , 2種, 4分子 ACDE
#1: タンパク質 | 分子量: 74009.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9V2F3, DNA-directed DNA polymerase, exodeoxyribonuclease I |
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#3: タンパク質 | 分子量: 29471.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#2: タンパク質 | 分子量: 144418.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#4: DNA鎖 | 分子量: 6512.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 7717.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex containing three consecutive mismatches タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2, #4, #3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299325 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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