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万見
- PDB-8pm2: Structure of the murine trace amine-associated receptor TAAR7f bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pm2
タイトルStructure of the murine trace amine-associated receptor TAAR7f bound to N,N-dimethylcyclohexylamine (DMCH) in complex with mini-Gs trimeric G protein
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Nanobody 35
  • Trace amine-associated receptor 7f
キーワードMEMBRANE PROTEIN / trace-amine associated receptor / TAAR / mTAAR7f / GPCR / receptor / G protein
機能・相同性
機能・相同性情報


trace-amine receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels ...trace-amine receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trace amine associated receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit ...Trace amine associated receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N},~{N}-dimethylcyclohexanamine / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Trace amine-associated receptor 7f
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Gusach, A. / Lee, Y. / Edwards, P.C. / Huang, F. / Weyand, S.N. / Tate, C.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105197215 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Molecular recognition of an aversive odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.
著者: Anastasiia Gusach / Yang Lee / Armin Nikpour Khoshgrudi / Elizaveta Mukhaleva / Ning Ma / Eline J Koers / Qingchao Chen / Patricia C Edwards / Fanglu Huang / Jonathan Kim / Filippo Mancia / ...著者: Anastasiia Gusach / Yang Lee / Armin Nikpour Khoshgrudi / Elizaveta Mukhaleva / Ning Ma / Eline J Koers / Qingchao Chen / Patricia C Edwards / Fanglu Huang / Jonathan Kim / Filippo Mancia / Dmitry B Verprintsev / Nagarajan Vaidehi / Simone N Weyand / Christopher G Tate /
要旨: There are two main families of G protein-coupled receptors that detect odours in humans, the odorant receptors (ORs) and the trace amine-associated receptors (TAARs). Their amino acid sequences are ...There are two main families of G protein-coupled receptors that detect odours in humans, the odorant receptors (ORs) and the trace amine-associated receptors (TAARs). Their amino acid sequences are distinct, with the TAARs being most similar to the aminergic receptors such as those activated by adrenaline, serotonin and histamine. To elucidate the structural determinants of ligand recognition by TAARs, we have determined the cryo-EM structure of a murine receptor, mTAAR7f, coupled to the heterotrimeric G protein G and bound to the odorant N,N-dimethylcyclohexylamine (DMCH) to an overall resolution of 2.9 Å. DMCH is bound in a hydrophobic orthosteric binding site primarily through van der Waals interactions and a strong charge-charge interaction between the tertiary amine of the ligand and an aspartic acid residue. This site is distinct and non-overlapping with the binding site for the odorant propionate in the odorant receptor OR51E2. The structure, in combination with mutagenesis data and molecular dynamics simulations suggests that the activation of the receptor follows a similar pathway to that of the β-adrenoceptors, with the significant difference that DMCH interacts directly with one of the main activation microswitch residues.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年7月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_imaging / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _em_admin.last_update / _em_imaging.nominal_defocus_max ..._em_admin.last_update / _em_imaging.nominal_defocus_max / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _refine.B_iso_mean / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanobody 35
R: Trace amine-associated receptor 7f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7057
ポリマ－132,0915
非ポリマー6142
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12000 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area41780 Å2

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short


分子量: 28964.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus(DE3)-RIL
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1


分子量: 37342.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7845.078 Da / 分子数: 1 / Mutation: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: There is an engineered mutation C68S introduced / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 NR

#4: 抗体 Nanobody 35


分子量: 16926.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus(DE3)-RIL
#5: タンパク質 Trace amine-associated receptor 7f / TaR-7f / Trace amine receptor 7f / mTaar7f


分子量: 41012.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: mTAAR7f sequence contains cleaved protease sites: TEV (S residue on the N terminus) and HRV-3C (C terminus)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Taar7f / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5QD08

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#7: 化合物 ChemComp-8IA / ~{N},~{N}-dimethylcyclohexanamine / N,N-ジメチルシクロヘキシルアミン


分子量: 127.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17N

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized in LMNG/CHS bound to N,N-dimethylcyclohexylamine and coupled to: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit ...名称: A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized in LMNG/CHS bound to N,N-dimethylcyclohexylamine and coupled to: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoform short + Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 + Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 + Nanobody 35
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES/KOHC8H17KN2O4S1
2150 mMPotassium chlorideKCL1
310 mMSodium chlorideNaCl1
410 mMMagnesium chlorideMgCl21
50.01 %Lauryl Maltose Neopentyl Glycol1
60.002 %Cholesteryl Hemisuccinate1
76.7 mMN,N-dimethylcyclohexylamine1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Forward Power of 38 W, Reflected Power of 2W; Fischione
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 倍率（補正後）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 2400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.84 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11157
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1.1+patch23011029粒子像選択
4cryoSPARC4.1.1+patch23011029CTF補正
7cryoSPARC4.1.1+patch23011029モデルフィッティング
9cryoSPARC4.1.1+patch23011029初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.1.1+patch23011029最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.1.1+patch23011029分類
12cryoSPARC4.1.1+patch23011029３次元再構成
13cryoSPARC4.1.1+patch23011029モデル精密化
CTF補正詳細: Done with cryoSPARC patch motion correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9199357 / 詳細: Particles were heavily over-picked
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172639 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Initial models of heterotrimeric mini-Gs and Nb35 were sourced from PDB 7T9I. A de novo model of TAAR7f was generated from the focused map and protein sequence using ModelAngelo
Source name: Other / タイプ: other
精密化解像度: 2.92→2.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.836 / SU B: 13.865 / SU ML: 0.249 / ESU R: 0.346
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.39743 --
obs0.39743 109353 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 104.792 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 7624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.0117797
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0167194
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2141.64310621
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.421.57216477
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.1435998
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg0.4160.15547
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.027101152
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0550.21225
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.029335
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.021907
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it11.169.9324016
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other11.1599.9324016
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it17.38817.8355006
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other17.38717.8375007
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it12.72510.9753781
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other12.72410.9753782
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other20.46719.7215616
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined30.848118.3331515
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other30.848118.3331516
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.284 8084 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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