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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pko | ||||||||||||
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タイトル | The ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomium thermophilum (EDEM:PDI heterodimer). | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / mannosidase / disulfide isomerase / glycoprotein degradation / erad / misfolding | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / protein disulfide-isomerase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / protein disulfide isomerase activity / protein glycosylation / response to endoplasmic reticulum stress / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein folding / carbohydrate metabolic process ...mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / protein disulfide-isomerase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / protein disulfide isomerase activity / protein glycosylation / response to endoplasmic reticulum stress / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein folding / carbohydrate metabolic process / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila (菌類) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Roversi, P. / Hitchman, C.J. / Lia, A. / Bayo, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, イタリア, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomium thermophilum (EDEM:PDI heterodimer). 著者: Roversi, P. / Hitchman, C.J. / Lia, A. / Bayo, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pko.cif.gz | 377.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pko.ent.gz | 236.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pko.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pko_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pko_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pko_validation.xml.gz | 55.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pko_validation.cif.gz | 82.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pko | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17749MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 142162.812 Da / 分子数: 1 / 変異: N-term truncation and GFP fusion / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium ...詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM) 由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類) 遺伝子: GFP, CTHT_0058730 / プラスミド: CtEDEM_pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P42212, UniProt: G0SCX7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 55841.367 Da / 分子数: 1 / 変異: Deletion of Cterminal HDEL / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI) 由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類) 遺伝子: CTHT_0067360 / プラスミド: CtEDEM_pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SGS2, protein disulfide-isomerase |
-糖 , 4種, 6分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | #8: 糖 | ChemComp-MAN / | |
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-非ポリマー , 3種, 5分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#6: 化合物 | ChemComp-THJ / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: Micro SEC buffer: 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, 1 mM CaCl2 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 40 uL of a protein sample with an OD_280 of 0.88 were injected onto a Cytiva Superdex 200 Increase 3.2/300 size-exclusion chromatography column, equilibrated in 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, ...詳細: 40 uL of a protein sample with an OD_280 of 0.88 were injected onto a Cytiva Superdex 200 Increase 3.2/300 size-exclusion chromatography column, equilibrated in 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, 1 mM CaCl2, collecting 50 uL fractions. | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: The Quantifoil Au300 R1.2/1.3 Holey Carbon grids were glow discharged using the EMS GloQube. For grids to be coated in GO, the Graphene Oxide setting was used (0.2m Bar, 40 mA for 180 seconds) ...詳細: The Quantifoil Au300 R1.2/1.3 Holey Carbon grids were glow discharged using the EMS GloQube. For grids to be coated in GO, the Graphene Oxide setting was used (0.2m Bar, 40 mA for 180 seconds). For GO coating, graphene oxide solution (Sigma) at 0.2 mg/ml was spun at 300 g for 30 s to remove large aggregates. 3 uL was added to the grids for 1 minute, before blotting with Whatman No1 filter paper and washing three times with 20 uL drops of ultrapure water. グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Blotting time 3 s, waiting time 30 s Sample volume 3 uL, blot force 10 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1400000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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