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万見
- PDB-8pe8: Symmetry expanded D7 local refined map of mitochondrial heat-shoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pe8
タイトルSymmetry expanded D7 local refined map of mitochondrial heat-shock protein 60-like protein from Chaetomium thermophilum
要素Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
キーワードCHAPERONE / mitochondrial heat-shock protein 60-like protein / Stress response / ATP-binding / Nucleotide-binding / Chaetomium thermophilum / native cell extracts
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Semchonok, D.A. / Kyrilis, F.L. / Hamdi, F. / Kastritis, P.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Symmetry expanded D7, locally refined cryo-EM map of mitochondrial heat shock protein 60-like protein Chaetomium thermophilum.
著者: Semchonok, D.A. / Kyrilis, F.L. / Hamdi, F. / Kastritis, P.L.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
B: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
C: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
D: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
E: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
F: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
G: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
H: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
I: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
J: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
K: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
L: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
M: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
N: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)849,37314
ポリマ－849,37314
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area47220 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area323630 Å2

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial heat shock protein 60-like protein


分子量: 60669.473 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYB3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: native cell extract of Chaetomium thermophilum / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Purified and fractionated (fraction 25) cell lysate of Chaetomium thermophilum
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.06 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1109
電子光学装置位相板: OTHER

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2粒子像選択
3Gctf1.18CTF補正
6Coot0.9.8.1 ELモデルフィッティングmanual refinement
8EPU画像取得
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化Real-space refinement
10cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2分類
13cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 287314
対称性点対称性: D7 (2回x7回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15942 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Accession code: G0RYB3
詳細: The initial model consisted of the complete monomeric unit of HSP60
Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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