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万見
- PDB-8pb9: Cryo-EM structure of the c-di-GMP-bound FleQ-FleN master regulato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pb9
タイトルCryo-EM structure of the c-di-GMP-bound FleQ-FleN master regulator complex from Pseudomonas aeruginosa
要素
  • Antiactivator FleN
  • Transcriptional regulator FleQ
キーワードGENE REGULATION / Biofilm formation / c-di-GMP signaling / second messengers / bacterial secretion / bEBPs
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of extracellular matrix assembly / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / cytoplasmic side of plasma membrane ...positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of extracellular matrix assembly / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / cytoplasmic side of plasma membrane / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellum site-determining protein FlhG / Flagellar regulatory FleQ / Flagellar regulatory protein FleQ / Flagellum site-determining protein YlxH/ Fe-S cluster assembling factor NBP35 / NUBPL iron-transfer P-loop NTPase / ATP binding protein MinD/FleN / : / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. ...Flagellum site-determining protein FlhG / Flagellar regulatory FleQ / Flagellar regulatory protein FleQ / Flagellum site-determining protein YlxH/ Fe-S cluster assembling factor NBP35 / NUBPL iron-transfer P-loop NTPase / ATP binding protein MinD/FleN / : / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-C2E / Transcriptional regulator FleQ / Antiactivator FleN
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Torres-Sanchez, L.T. / Krasteva, P.V.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)BioMatrix 757507European Union
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structures of the FleQ-FleN master regulators reveal large-scale conformational switching in motility and biofilm control.
著者: Lucía Torres-Sánchez / Thibault Géry Sana / Marion Decossas / Yaser Hashem / Petya Violinova Krasteva /
要旨: can cause a wide array of chronic and acute infections associated with its ability to rapidly switch between planktonic, biofilm, and dispersed lifestyles, each with a specific arsenal for bacterial ... can cause a wide array of chronic and acute infections associated with its ability to rapidly switch between planktonic, biofilm, and dispersed lifestyles, each with a specific arsenal for bacterial survival and virulence. At the cellular level, many of the physiological transitions are orchestrated by the intracellular second messenger c-di-GMP and its receptor-effector FleQ. A bacterial enhancer binding protein, FleQ acts as a master regulator of both flagellar motility and adherence factor secretion and uses remarkably different transcription activation mechanisms depending on its dinucleotide loading state, adenosine triphosphatase (ATPase) activity, interactions with polymerase sigma (σ) factors, and complexation with a second ATPase, FleN. How the FleQ-FleN tandem can exert diverse effects through recognition of a conserved FleQ binding consensus has remained enigmatic. Here, we provide cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of both c-di-GMP-bound and c-di-GMP-free FleQ-FleN complexes which deepen our understanding of the proteins' (di)nucleotide-dependent conformational switching and fine-tuned roles in gene expression regulation.
履歴
登録2023年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Transcriptional regulator FleQ
A: Antiactivator FleN
B: Antiactivator FleN
C: Transcriptional regulator FleQ
E: Transcriptional regulator FleQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,6989
ポリマ－195,3075
非ポリマー2,3914
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator FleQ


分子量: 44884.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FleQ-receiver and AAA+ domains of Pseudomonas aeruginosa FleQ
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: fleQ, PA1097 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XCV0
#2: タンパク質 Antiactivator FleN


分子量: 30327.141 Da / 分子数: 2 / Mutation: D48A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pseudomonas aeruginosa FleN D48A mutant
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: fleN, PA1454 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD64
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C-di-GMP bound FleQ-FleN complex from Pseudomonas aeruginosa
タイプ: COMPLEX
詳細: C-di-GMP bound complex between FleQ REC and AAA+ domains and FleN D48A mutant from Pseudomonas aeruginosa
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.233 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM HEPES pH 8.0, 250mM NaCl, 2mM MgCl2, and 2% glycerol, 4 uM c-di-GMP, 200 uM ACP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: FleN-D48A and FleQ (REC-AAA+) coexpression from the pProEx-Htb and pRSFDuet1 vectors. Purified via the HRV3c- cleavable N-terminal hexahistidine tag on FleN
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: triple deposition

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14640
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリFitting-ID
4GctfCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング1
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング1
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIXモデル精密化1
CTF補正詳細: Gctf through cryoSPARC interface / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 1283732
詳細: Due to flexibility, preferential orientation and partial occupancy for one of the subunits, the data was downsampled and the resolution used for refinement was cut to 3.3 angstrom after Deep EMhancer sharpening.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
ID空間詳細
1REALCrystal structures fitting Refined in Phenix, coot and Namdinator
2
3
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDAccession code詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
115EXP, 5EXX, 4WXM, 7EJWthe model was interpreted by modular fitting of partial crystal structures and refined against the electron density1Otherexperimental model
22
33
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01112502
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82416947
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.6411832
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431943
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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