+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p4a | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 1 | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / rna polymerase II / capping | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA guanylyltransferase activity / inorganic triphosphate phosphatase activity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity ...RNA guanylyltransferase activity / inorganic triphosphate phosphatase activity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / RNA polymerase III activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / RNA processing / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / mRNA guanylyltransferase activity / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / mRNA guanylyltransferase / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nuclear speck / RNA-dependent RNA polymerase activity / chromatin binding / DNA-templated transcription / nucleotide binding / nucleolus / GTP binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Garg, G. / Dienemann, C. / Farnung, L. / Schwarz, J. / Linden, A. / Urlaub, H. / Cramer, P. | |||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural insights into human co-transcriptional capping. 著者: Gaurika Garg / Christian Dienemann / Lucas Farnung / Juliane Schwarz / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer / 要旨: Co-transcriptional capping of the nascent pre-mRNA 5' end prevents degradation of RNA polymerase (Pol) II transcripts and suppresses the innate immune response. Here, we provide mechanistic insights ...Co-transcriptional capping of the nascent pre-mRNA 5' end prevents degradation of RNA polymerase (Pol) II transcripts and suppresses the innate immune response. Here, we provide mechanistic insights into the three major steps of human co-transcriptional pre-mRNA capping based on six different cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures. The human mRNA capping enzyme, RNGTT, first docks to the Pol II stalk to position its triphosphatase domain near the RNA exit site. The capping enzyme then moves onto the Pol II surface, and its guanylyltransferase receives the pre-mRNA 5'-diphosphate end. Addition of a GMP moiety can occur when the RNA is ∼22 nt long, sufficient to reach the active site of the guanylyltransferase. For subsequent cap(1) methylation, the methyltransferase CMTR1 binds the Pol II stalk and can receive RNA after it is grown to ∼29 nt in length. The observed rearrangements of capping factors on the Pol II surface may be triggered by the completion of catalytic reaction steps and are accommodated by domain movements in the elongation factor DRB sensitivity-inducing factor (DSIF). | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p4a.cif.gz | 842.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8p4a.ent.gz | 664.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8p4a_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8p4a_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8p4a_validation.xml.gz | 126.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8p4a_validation.cif.gz | 195.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/8p4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/8p4a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17403MC 8p4bC 8p4cC 8p4dC 8p4eC 8p4fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 8種, 8分子 ABCEFGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 218889.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUC2 |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#6: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#8: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7 |
#10: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4 |
-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL
#5: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
---|---|
#13: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ
#9: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2 |
---|---|
#11: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#14: DNA鎖 | 分子量: 8861.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) |
---|---|
#15: DNA鎖 | 分子量: 11780.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 PM
#16: タンパク質 | 分子量: 68639.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNGTT, CAP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60942, mRNA 5'-phosphatase, mRNA guanylyltransferase |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 6066.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) |
-非ポリマー , 2種, 9分子
#17: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#18: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pol II - TPase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34647 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|