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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p2k | |||||||||||||||
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タイトル | Ternary complex of translating ribosome, NAC and METAP1 | |||||||||||||||
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![]() | TRANSLATION / ribosome / methionine aminopeptidase 1 / methionine excision / protein biogenesis / nascent chain | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / N-terminal protein amino acid modification ...negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / N-terminal protein amino acid modification / hemostasis / peptidyl-methionine modification / skeletal muscle tissue regeneration / glucose 6-phosphate metabolic process / initiator methionyl aminopeptidase activity / heart trabecula morphogenesis / ribosomal subunit / carbohydrate derivative binding / methionyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / negative regulation of RNA splicing / Gluconeogenesis / monosaccharide binding / protein targeting to membrane / Glycolysis / erythrocyte homeostasis / laminin receptor activity / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / ciliary membrane / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / mammalian oogenesis stage / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / response to testosterone / Peptide chain elongation / organelle membrane / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / metalloaminopeptidase activity / ubiquitin ligase inhibitor activity / Formation of a pool of free 40S subunits / phagocytic cup / Eukaryotic Translation Termination / humoral immune response / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein maturation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Viral mRNA Translation / mesoderm formation / response to immobilization stress / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal small subunit export from nucleus / erythrocyte development / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / cytosolic ribosome / response to cadmium ion / aminopeptidase activity / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / response to muscle stretch / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / rescue of stalled ribosome / positive regulation of endothelial cell migration / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / cytokine activity / positive regulation of translation / gluconeogenesis / response to progesterone / glycolytic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
![]() | Jia, M. / Jaskolowski, M. / Scaiola, A. / Jomaa, A. / Ban, N. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: NAC controls cotranslational N-terminal methionine excision in eukaryotes. 著者: Martin Gamerdinger / Min Jia / Renate Schloemer / Laurenz Rabl / Mateusz Jaskolowski / Katrin M Khakzar / Zeynel Ulusoy / Annalena Wallisch / Ahmad Jomaa / Gundula Hunaeus / Alain Scaiola / ...著者: Martin Gamerdinger / Min Jia / Renate Schloemer / Laurenz Rabl / Mateusz Jaskolowski / Katrin M Khakzar / Zeynel Ulusoy / Annalena Wallisch / Ahmad Jomaa / Gundula Hunaeus / Alain Scaiola / Kay Diederichs / Nenad Ban / Elke Deuerling / ![]() ![]() 要旨: N-terminal methionine excision from newly synthesized proteins, catalyzed cotranslationally by methionine aminopeptidases (METAPs), is an essential and universally conserved process that plays a key ...N-terminal methionine excision from newly synthesized proteins, catalyzed cotranslationally by methionine aminopeptidases (METAPs), is an essential and universally conserved process that plays a key role in cell homeostasis and protein biogenesis. However, how METAPs interact with ribosomes and how their cleavage specificity is ensured is unknown. We discovered that in eukaryotes the nascent polypeptide-associated complex (NAC) controls ribosome binding of METAP1. NAC recruits METAP1 using a long, flexible tail and provides a platform for the formation of an active methionine excision complex at the ribosomal tunnel exit. This mode of interaction ensures the efficient excision of methionine from cytosolic proteins, whereas proteins targeted to the endoplasmic reticulum are spared. Our results suggest a broader mechanism for how access of protein biogenesis factors to translating ribosomes is controlled. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 B5B7B8A2AIAT
#1: RNA鎖 | 分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: RNA鎖 | 分子量: 603928.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#60: RNA鎖 | 分子量: 15209.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#61: RNA鎖 | 分子量: 24451.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 BABCBEBGBHBIBJBLBMBOBSBTBUBZBaBbBcBdBfBgBhBiBkBlBpBrBtAz
-Ribosomal protein ... , 14種, 14分子 BBBDBFBNBRBVBWBYBeBjBvACAeAv
#5: タンパク質 | 分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 34509.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#55: タンパク質 | 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#67: タンパク質 | 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#84: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 14種, 14分子 BKBPBQBXBmBoBsMANaNbAEAFAjAp
#14: タンパク質 | 分子量: 7967.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#19: タンパク質 | 分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 43274.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 23406.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 14493.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#57: タンパク質 | 分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#58: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#72: タンパク質 | 分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#78: タンパク質 | 分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 AAABADAGAZAaAbAcAdAfAgAhAiAkAlAmAnAoAqArAsAtAuAwAxAy
-非ポリマー , 9種, 2965分子 ![](data/chem/img/N.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/AAC.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/AAC.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#89: 化合物 | ChemComp-N / #90: 化合物 | ChemComp-SPD / #91: 化合物 | #92: 化合物 | ChemComp-MG / #93: 化合物 | ChemComp-UNX / #94: 化合物 | ChemComp-GTP / | #95: 化合物 | ChemComp-AAC / | #96: 化合物 | ChemComp-ZN / #97: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21221 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 115.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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