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- PDB-8p2e: Homotypic interacting B1 fab bound to Chondroitin Sulfate A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p2e
タイトルHomotypic interacting B1 fab bound to Chondroitin Sulfate A
要素
  • B1 fab heavy
  • B1 fab light
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Chondroitin Sulfate A
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Raghavan, S.S.R. / Dagil, R. / Wang, K.T. / Salanti, A.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0076055 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0068192 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF20-0045 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Tumor-agnostic cancer therapy using antibodies targeting oncofetal chondroitin sulfate.
著者: Elena Ethel Vidal-Calvo / Anne Martin-Salazar / Swati Choudhary / Robert Dagil / Sai Sundar Rajan Raghavan / Lara Duvnjak / Mie Anemone Nordmaj / Thomas Mandel Clausen / Ann Skafte / Jan ...著者: Elena Ethel Vidal-Calvo / Anne Martin-Salazar / Swati Choudhary / Robert Dagil / Sai Sundar Rajan Raghavan / Lara Duvnjak / Mie Anemone Nordmaj / Thomas Mandel Clausen / Ann Skafte / Jan Oberkofler / Kaituo Wang / Mette Ø Agerbæk / Caroline Løppke / Amalie Mundt Jørgensen / Daria Ropac / Joana Mujollari / Shona Willis / Agnès Garcias López / Rebecca Louise Miller / Richard Torbjörn Gustav Karlsson / Felix Goerdeler / Yen-Hsi Chen / Ana R Colaço / Yong Wang / Thomas Lavstsen / Agnieszka Martowicz / Irina Nelepcu / Mona Marzban / Htoo Zarni Oo / Maj Sofie Ørum-Madsen / Yuzhuo Wang / Morten A Nielsen / Henrik Clausen / Michael Wierer / Dominik Wolf / Ismail Gögenur / Thor G Theander / Nader Al-Nakouzi / Tobias Gustavsson / Mads Daugaard / Ali Salanti /
要旨: Molecular similarities between embryonic and malignant cells can be exploited to target tumors through specific signatures absent in healthy adult tissues. One such embryonic signature tumors express ...Molecular similarities between embryonic and malignant cells can be exploited to target tumors through specific signatures absent in healthy adult tissues. One such embryonic signature tumors express is oncofetal chondroitin sulfate (ofCS), which supports disease progression and dissemination in cancer. Here, we report the identification and characterization of phage display-derived antibody fragments recognizing two distinct ofCS epitopes. These antibody fragments show binding affinity to ofCS in the low nanomolar range across a broad selection of solid tumor types in vitro and in vivo with minimal binding to normal, inflamed, or benign tumor tissues. Anti-ofCS antibody drug conjugates and bispecific immune cell engagers based on these targeting moieties disrupt tumor progression in animal models of human and murine cancers. Thus, anti-ofCS antibody fragments hold promise for the development of broadly effective therapeutic and diagnostic applications targeting human malignancies.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年6月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B1 fab light
B: B1 fab heavy
C: B1 fab light
D: B1 fab heavy
E: B1 fab light
F: B1 fab heavy
G: B1 fab light
H: B1 fab heavy


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,3288
ポリマ－200,3288
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17230 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area72150 Å2

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要素

#1: 抗体
B1 fab light


分子量: 23662.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
B1 fab heavy


分子量: 26419.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: B1 fabs bound to chondroitin sulphate A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 50 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1250000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00213275
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.81518048
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.2594749
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382030
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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