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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p27 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the anaerobic ribonucleotide reductase from Prevotella copri in its dimeric, dATP-bound state | |||||||||||||||
要素 | Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase | |||||||||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / ribonucleotide reductase / glycyl radical enzyme / allosteric regulation / nucleotide biosynthesis / oxidoreductase | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin) activity / DNA replication / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Segatella copri (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Banerjee, I. / Bimai, O. / Sjoberg, B.M. / Logan, D.T. | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Activity modulation in anaerobic ribonucleotide reductases: nucleotide binding to the ATP-cone mediates long-range order-disorder transitions in the active site 著者: Bimai, O. / Banerjee, I. / Rozman Grinberg, I. / Huang, P. / Lundin, D. / Sjoberg, B.M. / Logan, D.T. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p27.cif.gz | 214.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p27.ent.gz | 161.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p27.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8p27_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8p27_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8p27_validation.xml.gz | 52.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8p27_validation.cif.gz | 75.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/8p27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/8p27 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17358MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84636.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Segatella copri (バクテリア) / 遺伝子: BN510_01369 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R6BY16 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Anaerobic ribonucleotide reductase from Prevotella copri in its dimeric, dATP-bound state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.1684 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Prevotella copri (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: GloQube, 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 1, 5s blot time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16667 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Patch CTF correction in cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 7544324 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1009021 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 40 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient 詳細: Manual fitting was done using Coot and automatic real space refinement used phenix.refine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Half of a previously-built tetrameric form of the same enzyme Source name: Other / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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