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- PDB-8p0n: Cryo EM map and model of the vaccinia RNA polymerase intermediate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0n
タイトルCryo EM map and model of the vaccinia RNA polymerase intermediate pre-initiation open promoter complex shallow conformation
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 8
  • (Intermediate transcription factor 3 ...) x 2
  • (mRNA-capping enzyme ...) x 2
  • Non-template DNA oligomer
  • Template DNA oligomer
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / RNAP / Vaccinia / MPox / PIC / pre-initiation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / DNA-templated transcription termination ...inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
VITF-3 subunit protein / Poxvirus intermediate transcription factor / VITF-3 subunit protein / Poxvirus intermediate transcription factor / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, OB fold domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, nucleotidyltransferase domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain superfamily / : / : / mRNA capping enzyme catalytic subunit, GTase, NTPase domain ...VITF-3 subunit protein / Poxvirus intermediate transcription factor / VITF-3 subunit protein / Poxvirus intermediate transcription factor / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, OB fold domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, nucleotidyltransferase domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain superfamily / : / : / mRNA capping enzyme catalytic subunit, GTase, NTPase domain / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, GTase, OB fold / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit superfamily / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / mRNA capping enzyme, large subunit, ATPase/guanylyltransferase, virus / mRNA capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / mRNA-capping enzyme catalytic subunit / mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124 / Intermediate transcription factor 3 small subunit / Intermediate transcription factor 3 large subunit / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit ...DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / mRNA-capping enzyme catalytic subunit / mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124 / Intermediate transcription factor 3 small subunit / Intermediate transcription factor 3 large subunit / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Grimm, C. / Jungwirth, S. / Fischer, U.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM map and model of the vaccinia RNA polymerase intermediate pre-initiation open promoter complex (CASP target)
著者: Grimm, C. / Jungwirth, S. / Fischer, U.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide
B: DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide
C: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
E: DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit
F: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
G: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit
H: Intermediate transcription factor 3 large subunit
I: Intermediate transcription factor 3 small subunit
J: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
L: mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124
N: Non-template DNA oligomer
O: mRNA-capping enzyme catalytic subunit
S: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
T: Template DNA oligomer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)663,50719
ポリマ－663,22114
非ポリマー2865
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 8種, 8分子 ABCEFGJS

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide


分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG105, RPO147, J6R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P20504, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide


分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG151, RPO132, A24R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P68694, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit


分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG156, RPO35, A29L / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P21087, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit


分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG103, RPO22, J4R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P68608, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit


分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG131, RPO19, A5R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P68610, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit


分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG119, RPO18, D7R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P21034, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit


分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG090, RPO7, G5.5R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P68315, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide


分子量: 29834.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG066, RPO30, E4L / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P21082, DNA-directed RNA polymerase

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Intermediate transcription factor 3 ... , 2種, 2分子 HI

#7: タンパク質 Intermediate transcription factor 3 large subunit / VITF-3 45 kDa subunit


分子量: 44662.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG150, VITF3L, A23R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P20998
#8: タンパク質 Intermediate transcription factor 3 small subunit / VITF-3 32 kDa subunit / VITF-3 small subunit


分子量: 33618.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG134, VITF3S, A8R / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P20986

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MRNA-capping enzyme ... , 2種, 2分子 LO

#10: タンパク質 mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124 / Virus termination factor small subunit / VTF small subunit / mRNA-capping enzyme 33 kDa subunit / ...Virus termination factor small subunit / VTF small subunit / mRNA-capping enzyme 33 kDa subunit / mRNA-capping enzyme D12 subunit / mRNA-capping enzyme small subunit


分子量: 33396.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG124, D12L / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 参照: UniProt: P20980
#12: タンパク質 mRNA-capping enzyme catalytic subunit / Virus termination factor large subunit / VTF large subunit / mRNA-capping enzyme 97 kDa subunit / ...Virus termination factor large subunit / VTF large subunit / mRNA-capping enzyme 97 kDa subunit / mRNA-capping enzyme D1 subunit / mRNA-capping enzyme large subunit


分子量: 96888.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: OPG113, D1R / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
参照: UniProt: P20979, mRNA 5'-phosphatase, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#11: DNA鎖 Non-template DNA oligomer


分子量: 21587.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
発現宿主: synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 Template DNA oligomer


分子量: 21675.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
発現宿主: synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 5分子

#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vaccinia DNA-directed RNA polymerase open promoter intermediate pre-initiation complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7, #9-#13, #8, #14 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.75 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4746: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1粒子像選択
4cryoSPARC4.1CTF補正
10cryoSPARC4.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9318600
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1395666 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00344164
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48259986
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.90516728
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0416816
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0037330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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