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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p09 | ||||||
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タイトル | 48S late-stage initiation complex with non methylated mRNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / translation initiation / ribosome / non methylated mRNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / ribosomal subunit / eukaryotic 48S preinitiation complex / laminin receptor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / ribosomal small subunit binding / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translational termination / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / small-subunit processome / translational initiation / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / spindle / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / virus receptor activity / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / postsynaptic density / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / iron ion binding / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / cell division / DNA repair / mRNA binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / synapse / nucleolus / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Guca, E. / Lima, L.H.F. / Boissier, F. / Hashem, Y. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: N-methyladenosine in 5' UTR does not promote translation initiation. 著者: Ewelina Guca / Rodrigo Alarcon / Michael Z Palo / Leonardo Santos / Santiago Alonso-Gil / Marcos Davyt / Leonardo H F de Lima / Fanny Boissier / Sarada Das / Bojan Zagrovic / Joseph D Puglisi ...著者: Ewelina Guca / Rodrigo Alarcon / Michael Z Palo / Leonardo Santos / Santiago Alonso-Gil / Marcos Davyt / Leonardo H F de Lima / Fanny Boissier / Sarada Das / Bojan Zagrovic / Joseph D Puglisi / Yaser Hashem / Zoya Ignatova / 要旨: The most abundant N-methyladenosine (mA) modification on mRNAs is installed non-stoichiometrically across transcripts, with 5' untranslated regions (5' UTRs) being the least conductive. 5' UTRs are ...The most abundant N-methyladenosine (mA) modification on mRNAs is installed non-stoichiometrically across transcripts, with 5' untranslated regions (5' UTRs) being the least conductive. 5' UTRs are essential for translation initiation, yet the molecular mechanisms orchestrated by mA remain poorly understood. Here, we combined structural, biochemical, and single-molecule approaches and show that at the most common position, a single mA does not affect translation yields, the kinetics of translation initiation complex assembly, or start codon recognition both under permissive growth and following exposure to oxidative stress. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the late preinitiation complex reveal that mA purine ring established stacking interactions with an arginine side chain of the initiation factor eIF2α, although with only a marginal energy contribution, as estimated computationally. These findings provide molecular insights into mA interactions with the initiation complex and suggest that the subtle stabilization is unlikely to affect the translation dynamics under homeostatic conditions or stress. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p09.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p09.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p09.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8p09_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8p09_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8p09_validation.xml.gz | 207.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8p09_validation.cif.gz | 333.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p09 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17330MC 8p03C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 123
#1: RNA鎖 | 分子量: 24376.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 601015.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 2854.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-Eukaryotic translation initiation factor ... , 2種, 2分子 Aj
#4: タンパク質 | 分子量: 32792.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T2G4 |
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#37: タンパク質 | 分子量: 12788.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYS4 |
+40S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 CEGIKLMNOQRSTUVWXZabcdein
-Ribosomal protein ... , 8種, 8分子 DFHJPYfg
#6: タンパク質 | 分子量: 24944.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN72 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 25158.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
#10: タンパク質 | 分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KMN4 |
#12: タンパク質 | 分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0 |
#18: タンパク質 | 分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51 |
#27: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89 |
#34: タンパク質 | 分子量: 8358.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22 |
#35: タンパク質 | 分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4 |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 232分子 kl
#38: タンパク質 | 分子量: 66986.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SG72 |
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#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4 |
#41: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 48S late-stage initiation complex with non methylated mRNA タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#40 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74515 / 対称性のタイプ: POINT |