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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oq6 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor apo state | ||||||
要素 | Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GABAA receptor / rho1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / chloride transmembrane transport ...GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / chloride transmembrane transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, F. / Victor, T. / John, C. / Rebecca, J.H. / Lindahl, E. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2023 タイトル: Structure and dynamics of differential ligand binding in the human ρ-type GABA receptor. 著者: John Cowgill / Chen Fan / Nandan Haloi / Victor Tobiasson / Yuxuan Zhuang / Rebecca J Howard / Erik Lindahl / 要旨: The neurotransmitter γ-aminobutyric acid (GABA) drives critical inhibitory processes in and beyond the nervous system, partly via ionotropic type-A receptors (GABARs). Pharmacological properties of ...The neurotransmitter γ-aminobutyric acid (GABA) drives critical inhibitory processes in and beyond the nervous system, partly via ionotropic type-A receptors (GABARs). Pharmacological properties of ρ-type GABARs are particularly distinctive, yet the structural basis for their specialization remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of a lipid-embedded human ρ1 GABAR, including a partial intracellular domain, under apo, inhibited, and desensitized conditions. An apparent resting state, determined first in the absence of modulators, was recapitulated with the specific inhibitor (1,2,5,6-tetrahydropyridin-4-yl)methylphosphinic acid and blocker picrotoxin and provided a rationale for bicuculline insensitivity. Comparative structures, mutant recordings, and molecular simulations with and without GABA further explained the sensitized but slower activation of ρ1 relative to canonical subtypes. Combining GABA with picrotoxin also captured an apparent uncoupled intermediate state. This work reveals structural mechanisms of gating and modulation with applications to ρ-specific pharmaceutical design and to our biophysical understanding of ligand-gated ion channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oq6.cif.gz | 327.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oq6.ent.gz | 266.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8oq6_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8oq6_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8oq6_validation.xml.gz | 67.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8oq6_validation.cif.gz | 91 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oq6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17106MC 8op9C 8oq7C 8oq8C 8oqaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 15分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 55950.230 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24046 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 112分子
#3: 化合物 | ChemComp-OCT / #4: 化合物 | ChemComp-D10 / #5: 化合物 | ChemComp-7P9 / [( #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human rho1 GABAA receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46.12 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102731 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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