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- PDB-8ons: TAF15 amyloid fold in atypical FTLD - Individual 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ons
タイトルTAF15 amyloid fold in atypical FTLD - Individual 1
要素TATA-binding protein-associated factor 2N
キーワードRNA BINDING PROTEIN / amyloid / amyloid-forming protein / neurodegeneration
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA stabilization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA splicing ...mRNA stabilization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / transcription coregulator activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-binding protein-associated factor 2N
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Tetter, S. / Ryskeldi-Falcon, B.
資金援助 英国, スイス, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/25 英国
Alzheimers Research UK (ARUK)ARUK-RS2019-001 英国
Swiss National Science FoundationP500PB_206890 スイス
Leverhulme TrustECF-2022-610 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: TAF15 amyloid filaments in frontotemporal lobar degeneration.
著者: Stephan Tetter / Diana Arseni / Alexey G Murzin / Yazead Buhidma / Sew Y Peak-Chew / Holly J Garringer / Kathy L Newell / Ruben Vidal / Liana G Apostolova / Tammaryn Lashley / Bernardino ...著者: Stephan Tetter / Diana Arseni / Alexey G Murzin / Yazead Buhidma / Sew Y Peak-Chew / Holly J Garringer / Kathy L Newell / Ruben Vidal / Liana G Apostolova / Tammaryn Lashley / Bernardino Ghetti / Benjamin Ryskeldi-Falcon /
要旨: Frontotemporal lobar degeneration (FTLD) causes frontotemporal dementia (FTD), the most common form of dementia after Alzheimer's disease, and is often also associated with motor disorders. The ...Frontotemporal lobar degeneration (FTLD) causes frontotemporal dementia (FTD), the most common form of dementia after Alzheimer's disease, and is often also associated with motor disorders. The pathological hallmarks of FTLD are neuronal inclusions of specific, abnormally assembled proteins. In the majority of cases the inclusions contain amyloid filament assemblies of TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) or tau, with distinct filament structures characterizing different FTLD subtypes. The presence of amyloid filaments and their identities and structures in the remaining approximately 10% of FTLD cases are unknown but are widely believed to be composed of the protein fused in sarcoma (FUS, also known as translocated in liposarcoma). As such, these cases are commonly referred to as FTLD-FUS. Here we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of amyloid filaments extracted from the prefrontal and temporal cortices of four individuals with FTLD-FUS. Surprisingly, we found abundant amyloid filaments of the FUS homologue TATA-binding protein-associated factor 15 (TAF15, also known as TATA-binding protein-associated factor 2N) rather than of FUS itself. The filament fold is formed from residues 7-99 in the low-complexity domain (LCD) of TAF15 and was identical between individuals. Furthermore, we found TAF15 filaments with the same fold in the motor cortex and brainstem of two of the individuals, both showing upper and lower motor neuron pathology. The formation of TAF15 amyloid filaments with a characteristic fold in FTLD establishes TAF15 proteinopathy in neurodegenerative disease. The structure of TAF15 amyloid filaments provides a basis for the development of model systems of neurodegenerative disease, as well as for the design of diagnostic and therapeutic tools targeting TAF15 proteinopathy.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TATA-binding protein-associated factor 2N
C: TATA-binding protein-associated factor 2N
E: TATA-binding protein-associated factor 2N
G: TATA-binding protein-associated factor 2N
I: TATA-binding protein-associated factor 2N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,5455
ポリマ－309,5455
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (), ()
2given(0.997253, -0.074076), (), ()8.10277
3given(0.999313, -0.037064), (), ()3.98165
4given(0.999313, 0.037064), (), ()-3.83671
5given(0.997253, 0.074076), (-0.074076, 0.997253), (1)-7.52322, 8.10277, 9.55048

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要素

#1: タンパク質
TATA-binding protein-associated factor 2N / 68 kDa TATA-binding protein-associated factor / TAF(II)68 / TAFII68 / RNA-binding protein 56


分子量: 61909.000 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF15, RBP56, TAF2N / 器官 (発現宿主): Brain / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Frontal/temporal lobe / 参照: UniProt: Q92804
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: TAF15 atypical FTLD amyloid fold / タイプ: TISSUE / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: brain / 組織: frontal and temporal lobe
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl, pH 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0352 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -2.12 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.78 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 1.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95582 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 1.97→1.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.822 / SU B: 2.434 / SU ML: 0.061 / ESU R: 0.051
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.33771 --
obs0.33771 132602 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 35.299 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0030.011712
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.017484
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.8271.656957
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.3331.5411164
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.712592
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg9.1521099
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0430.278
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.02878
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.02146
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.253.758371
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.2253.742370
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.8925.612462
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other3.8915.625463
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3.1594.058341
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other3.1554.07342
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other5.2515.981496
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined7.10142.13740
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other7.08941.964737
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.778 9858 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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