PDB-8ole: Cryo-EM reconstruction of VP4 assembly from SA11 Rotavirus Non-Tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ole

タイトル

Cryo-EM reconstruction of VP4 assembly from SA11 Rotavirus Non-Tripsinized Triple Layered Particle

要素

Outer capsid protein VP4

キーワード

VIRUS / Rotavirus / dsRNA virus

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rotavirus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å

データ登録者

Asensio-Cob, D. / Perez-Mata, C. / Gomez-Blanco, J. / Vargas, J. / Rodriguez, J.M. / Luque, D.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of rotavirus spike proteolytic activation
著者: Asensio-Cob, D. / Perez-Mata, C. / Gomez-Blanco, J. / Vargas, J. / Rodriguez, J.M. / Luque, D.

履歴

登録	2023年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ole.cif.gz	387.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ole.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ole.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ole_validation.pdf.gz	999.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ole_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ole_validation.xml.gz	79.5 KB	表示
CIF形式データ	8ole_validation.cif.gz	117.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/8ole ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/8ole	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16956MC 16954C 16955C 8olbC 8olcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: Outer capsid protein VP4

Y: Outer capsid protein VP4

Z: Outer capsid protein VP4

260 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Outer capsid protein VP4 / Hemagglutinin 分子量: 86749.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Outer capsid protein VP4 / 由来: (組換発現) Rotavirus (ウイルス) / 遺伝子: VP4 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A0A060IEP4

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Rotavirus A / タイプ: VIRUS / 詳細: Rotavirus SA11 Non-tripsinized spike / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	値: 92 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主	生物種: Chlorocebus aethiops
ウイルス殻	名称: TLP / 直径: 700 nm
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Rotavirus SA11 Non-tripsinized spike
試料支持	グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 750 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 42 e/Å² / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1465

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	Xmipp	粒子像選択
2	EPU	画像取得
4	CTFFIND	CTF補正
10	RELION	初期オイラー角割当
11	RELION	最終オイラー角割当
12	RELION	分類
13	RELION	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 11221

3次元再構成

解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 210792 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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