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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ojj | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the DnaD-NTD tetramer | ||||||
要素 | DNA replication protein DnaD | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Replication helicase loading / small cryo-EM structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.47 Å | ||||||
データ登録者 | Winterhalter, C. / Pelliciari, S. / Cronin, N. / Costa, T.R.D. / Murray, H. / Ilangovan, A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: The DNA replication initiation protein DnaD recognises a specific strand of the Bacillus subtilis chromosome origin. 著者: Charles Winterhalter / Simone Pelliciari / Daniel Stevens / Stepan Fenyk / Elie Marchand / Nora B Cronin / Panos Soultanas / Tiago R D Costa / Aravindan Ilangovan / Heath Murray / 要旨: Genome replication is a fundamental biological activity shared by all organisms. Chromosomal replication proceeds bidirectionally from origins, requiring the loading of two helicases, one for each ...Genome replication is a fundamental biological activity shared by all organisms. Chromosomal replication proceeds bidirectionally from origins, requiring the loading of two helicases, one for each replisome. However, the molecular mechanisms underpinning helicase loading at bacterial chromosome origins (oriC) are unclear. Here we investigated the essential DNA replication initiation protein DnaD in the model organism Bacillus subtilis. A set of DnaD residues required for ssDNA binding was identified, and photo-crosslinking revealed that this ssDNA binding region interacts preferentially with one strand of oriC. Biochemical and genetic data support the model that DnaD recognizes a new single-stranded DNA (ssDNA) motif located in oriC, the DnaD Recognition Element (DRE). Considered with single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) imaging of DnaD, we propose that the location of the DRE within oriC orchestrates strand-specific recruitment of helicase during DNA replication initiation. These findings significantly advance our mechanistic understanding of bidirectional replication from a bacterial chromosome origin. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ojj.cif.gz | 107.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ojj.ent.gz | 79.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ojj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ojj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ojj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ojj_validation.xml.gz | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ojj_validation.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16914MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27675.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: dnaD, BSU22350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39787 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homo Tetrameric complex of DnaD N-terminal domain / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 5.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 443529 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |