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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kg5 | ||||||
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タイトル | Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Respiratory syncytial virus / F protein / Lonafarnib / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) Enterobacteria phage T4 (ファージ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Q. / Xue, B. / Liu, F. / Peng, W. / Chen, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2024 タイトル: Farnesyltransferase inhibitor lonafarnib suppresses respiratory syncytial virus infection by blocking conformational change of fusion glycoprotein. 著者: Qi Yang / Bao Xue / Fengjiang Liu / Yongzhi Lu / Jielin Tang / Mengrong Yan / Qiong Wu / Ruyi Chen / Anqi Zhou / Lijie Liu / Junjun Liu / Changbin Qu / Qingxin Wu / Muqing Fu / Jiayi Zhong / ...著者: Qi Yang / Bao Xue / Fengjiang Liu / Yongzhi Lu / Jielin Tang / Mengrong Yan / Qiong Wu / Ruyi Chen / Anqi Zhou / Lijie Liu / Junjun Liu / Changbin Qu / Qingxin Wu / Muqing Fu / Jiayi Zhong / Jianwei Dong / Sijie Chen / Fan Wang / Yuan Zhou / Jie Zheng / Wei Peng / Jinsai Shang / Xinwen Chen / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the major cause of bronchiolitis and pneumonia in young children and the elderly. There are currently no approved RSV-specific therapeutic small molecules ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the major cause of bronchiolitis and pneumonia in young children and the elderly. There are currently no approved RSV-specific therapeutic small molecules available. Using high-throughput antiviral screening, we identified an oral drug, the prenylation inhibitor lonafarnib, which showed potent inhibition of the RSV fusion process. Lonafarnib exhibited antiviral activity against both the RSV A and B genotypes and showed low cytotoxicity in HEp-2 and human primary bronchial epithelial cells (HBEC). Time-of-addition and pseudovirus assays demonstrated that lonafarnib inhibits RSV entry, but has farnesyltransferase-independent antiviral efficacy. Cryo-electron microscopy revealed that lonafarnib binds to a triple-symmetric pocket within the central cavity of the RSV F metastable pre-fusion conformation. Mutants at the RSV F sites interacting with lonafarnib showed resistance to lonafarnib but remained fully sensitive to the neutralizing monoclonal antibody palivizumab. Furthermore, lonafarnib dose-dependently reduced the replication of RSV in BALB/c mice. Collectively, lonafarnib could be a potential fusion inhibitor for RSV infection. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kg5.cif.gz | 288.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kg5.ent.gz | 229.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kg5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kg5_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kg5_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8kg5_validation.xml.gz | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kg5_validation.cif.gz | 84.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kg5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37210MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64530.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: F, wac / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: P10104 #2: 抗体 | | 分子量: 24504.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | | 分子量: 23325.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37059 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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