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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kda | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs | ||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA / pre-tRNA processing / tRNA / pre-tRNA complex / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RNA-free ribonuclease P / ribonuclease P | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||||||||
![]() | Teramoto, T. / Adachi, N. / Yokogawa, T. / Koyasu, T. / Mayanagi, K. / Nakamura, T. / Senda, T. / Kakuta, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs 著者: Teramoto, T. / Koyasu, T. / Yokogawa, T. / Adachi, N. / Mayanagi, K. / Nakamura, T. / Senda, T. / Kakuta, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 639.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 517.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 37129 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21939.090 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: DSM 6534 / 遺伝子: HTH_1307 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 23650.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 215000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 11206 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1861832 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191471 / 対称性のタイプ: POINT |