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万見
- PDB-8kd9: Cryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kd9
タイトルCryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs
要素
  • Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
  • RNA-free ribonuclease P
キーワードHYDROLASE-RNA COMPLEX / pre-tRNA processing / tRNA / pre-tRNA complex / RNA-free ribonuclease P / ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal
類似検索 - 分子機能
RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA-free ribonuclease P
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Teramoto, T. / Koyasu, T. / Mayanagi, K. / Yokogawa, T. / Adachi, N. / Nakamura, T. / Senda, T. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06032 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101071 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101091 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of transfer RNA processing by bacterial minimal RNase P.
著者: Takamasa Teramoto / Takeshi Koyasu / Takashi Yokogawa / Naruhiko Adachi / Kouta Mayanagi / Takahiro Nakamura / Toshiya Senda / Yoshimitsu Kakuta /
要旨: Precursor tRNAs (pre-tRNAs) require nucleolytic removal of 5'-leader and 3'-trailer sequences for maturation, which is essential for proper tRNA function. The endoribonuclease RNase P exists in ...Precursor tRNAs (pre-tRNAs) require nucleolytic removal of 5'-leader and 3'-trailer sequences for maturation, which is essential for proper tRNA function. The endoribonuclease RNase P exists in diverse forms, including RNA- and protein-based RNase P, and removes 5'-leader sequences from pre-tRNAs. Some bacteria and archaea possess a unique minimal protein-based RNase P enzyme, HARP, which forms dodecamers with twelve active sites. Here, we present cryogenic electron microscopy structures of HARP dodecamers complexed with five pre-tRNAs, and we show that HARP oligomerization enables specific recognition of the invariant distance between the acceptor stem 5'-end and the TψC-loop, functioning as a molecular ruler-a feature representing convergent evolution among RNase P enzymes. The HARP dodecamer uses only five active sites for 5'-leader cleavage, while we identify a 3'-trailer cleavage activity in the remaining seven sites. This elucidation reveals how small proteins evolve through oligomerization to adapt a pivotal biological function (5'-leader processing) and acquire a novel function (3'-trailer processing).
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月14日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-free ribonuclease P
B: RNA-free ribonuclease P
C: RNA-free ribonuclease P
D: RNA-free ribonuclease P
E: RNA-free ribonuclease P
F: RNA-free ribonuclease P
G: RNA-free ribonuclease P
H: RNA-free ribonuclease P
I: RNA-free ribonuclease P
J: RNA-free ribonuclease P
K: RNA-free ribonuclease P
L: RNA-free ribonuclease P
T: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
M: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
N: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
O: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
P: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,16017
ポリマ－385,16017
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
RNA-free ribonuclease P


分子量: 22242.473 Da / 分子数: 12 / 変異: C114S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: aq_880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67035
#2: RNA鎖
Aquifex aeolicus pre-tRNAVal


分子量: 23650.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) / 参照: GenBank: 6626248
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
125 mMTris-HCl1
2100 mMNaCl1
31 mMTCEP1
45 mMMgCl21
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 8362

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.3粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION3.1.3初期オイラー角割当
11RELION3.1.3最終オイラー角割当
12RELION3.1.3分類
13RELION3.1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4522335
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 578312 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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