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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k8u | ||||||
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タイトル | F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and dCTP | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/DNA / RECOMBINATION / REPLICATION / VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / DNA replication / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase processivity factor 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, Y.P. / Li, Y.N. / Yan, R.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the inhibition mechanism of the DNA polymerase holoenzyme from mpox virus. 著者: Yaping Shen / Yaning Li / Renhong Yan / 要旨: There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is ...There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is recognized as a vital antiviral target because MPXV replicates in the cytoplasm of host cells. Nucleotide analogs such as cidofovir and cytarabine (Ara-C) have shown potential in curbing MPXV replication and they also display promise against other poxviruses. However, the mechanism behind their inhibitory effects remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the DNA polymerase holoenzyme F8/A22/E4 bound with its competitive inhibitor Ara-C-derived cytarabine triphosphate (Ara-CTP) at an overall resolution of 3.0 Å and reveal its inhibition mechanism. Ara-CTP functions as a direct chain terminator in proximity to the deoxycytidine triphosphate (dCTP)-binding site. The extra hydrogen bond formed with Asn665 makes it more potent in binding than dCTP. Asn665 is conserved among eukaryotic B-family polymerases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k8u.cif.gz | 359.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k8u.ent.gz | 281.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k8u_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k8u_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k8u_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k8u_validation.cif.gz | 75.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/8k8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/8k8u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36962MC 8k8sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA polymerase ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 117045.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#3: タンパク質 | 分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: A22R / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5IXP2 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#2: タンパク質 | 分子量: 25107.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#4: DNA鎖 | 分子量: 3518.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 5067.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
-非ポリマー , 3種, 6分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CTP / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 4 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 392167 / 対称性のタイプ: POINT |