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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k58 | ||||||
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タイトル | The cryo-EM map of close TIEA-TIC complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA/RNA / bacteriophage T4 / RNA polymerase / transcription / inhibitor / elongation accelerator / complex / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / DNA replication / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
![]() | Zhang, K.N. / Liu, Y. / Chen, M. / Wang, Y. / Lin, W. / Li, M. / Zhang, X. / Gao, Y. / Gong, Q. / Chen, H. ...Zhang, K.N. / Liu, Y. / Chen, M. / Wang, Y. / Lin, W. / Li, M. / Zhang, X. / Gao, Y. / Gong, Q. / Chen, H. / Steve, M. / Li, S. / Zhang, K. / Liu, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: TIEA inhibits Sigma70-dependent transcriptions, accelerates elongation speed and elevates transcription error 著者: Zhang, K.N. / Liu, Y. / Chen, M. / Wang, Y. / Lin, W. / Li, M. / Zhang, X. / Gao, Y. / Gong, Q. / Chen, H. / Steve, M. / Li, S. / Zhang, K. / Liu, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 624.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 495.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 104.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 154.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36897MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 CDEAB
#1: タンパク質 | 分子量: 150590.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 150865.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 8649.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 25612.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IH
#6: DNA鎖 | 分子量: 8915.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 8813.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 GJ
#5: タンパク質 | 分子量: 14731.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 3280.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: The cryo-EM map of closed TIEA-TIC complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 8645 |
画像スキャン | 横: 4092 / 縦: 5760 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3465772 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414172 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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