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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k53 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Dimeric Human CNTN2 Ig 1-6-FNIII 1-2 Domain in an Asymmetric State | |||||||||
![]() | Contactin-2 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / neural cell adhesion | |||||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / protein localization to juxtaparanode region of axon / dendrite self-avoidance / NrCAM interactions / cell-cell adhesion mediator activity / axon initial segment ...establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / protein localization to juxtaparanode region of axon / dendrite self-avoidance / NrCAM interactions / cell-cell adhesion mediator activity / axon initial segment / node of Ranvier / juxtaparanode region of axon / NCAM1 interactions / fat cell differentiation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / side of membrane / synapse organization / axon guidance / brain development / myelin sheath / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Zhang, Z.Z. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of human CNTN2 immunoglobulin domains 1-6 homo-dimer 著者: Zhang, Z.Z. / Shi, Z.B. / Wang, D.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36896MC ![]() 8k3jC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 107585.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | #4: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CNTN2 / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 292684 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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