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- PDB-8k23: ICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form) composi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k23
タイトルICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form) composited structure with C1 symmetry
要素
  • Cas1
  • Csy1
  • Csy2
  • Csy3
  • Csy4
  • DNA (31-MER)
  • DNA (43-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*T)-3')
  • HD Cas3-type domain-containing protein
  • RNA (60-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) ...CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Csy4 / Csy3 / Csy2 / Csy1 / HD Cas3-type domain-containing protein / Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Zhang, L.X. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32171274 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form) composited structure with C1 symmetry
著者: Zhang, L.X. / Feng, Y.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Csy1
C: Csy2
D: Cas1
E: Cas1
G: Csy3
H: Csy4
I: Csy3
J: Csy3
K: Csy3
L: Csy3
M: Csy3
P: RNA (60-MER)
Q: DNA (43-MER)
R: DNA (31-MER)
A: HD Cas3-type domain-containing protein
U: DNA (43-MER)
V: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*T)-3')
a: HD Cas3-type domain-containing protein
b: Csy1
c: Csy2
d: Cas1
e: Cas1
g: Csy3
h: Csy4
i: Csy3
j: Csy3
k: Csy3
l: Csy3
m: Csy3
p: RNA (60-MER)
q: DNA (43-MER)
r: DNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)983,70836
ポリマ－983,48832
非ポリマー2204
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 24分子 BbCcDEdeGIJKLMgijklmHhAa

#1: タンパク質 Csy1


分子量: 20224.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
遺伝子: TUST1-10_00450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1D5V8
#2: タンパク質 Csy2


分子量: 27401.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
遺伝子: TUST1-10_00445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1D5V7
#3: タンパク質
Cas1


分子量: 34286.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
遺伝子: TUST1-10_00460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1D5W0
#4: タンパク質
Csy3


分子量: 33399.301 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
遺伝子: TUST1-10_00440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1D5V6
#5: タンパク質 Csy4


分子量: 18736.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
遺伝子: TUST1-10_00435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1D5V5
#9: タンパク質 HD Cas3-type domain-containing protein


分子量: 104703.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
遺伝子: TUST1-10_00455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1D5V9

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DNA鎖 , 3種, 6分子 QUqRrV

#7: DNA鎖 DNA (43-MER)


分子量: 13431.698 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9346.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#10: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*T)-3')


分子量: 6338.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 6分子 Pp

#11: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: RNA鎖 RNA (60-MER)


分子量: 19046.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: csy complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132865 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00640544
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.13355680
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.5126786
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.066337
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0086530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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